Różnica między podatkiem należnym a sumą zaliczek pobranych w ciągu roku przez płatnika musi być wpłacona do urzędu, nawet gdy dotyczy niewielkich kwot.

Zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutek zapłaty. Nie ma określonej kwoty dopłaty, która może nie być zapłacona na rzecz organów podatkowych. Przy dopłacie podatku należy uregulować brakującą kwotę, nawet gdy wynosi ona tylko 1 zł. Trzeba jednak wiedzieć, że nie zawsze istnieje obowiązek naliczenia odsetek od niezapłaconego w terminie podatku.

Odsetek nie nalicza się, jeżeli wysokość odsetek nie przekraczałaby trzykrotności wartości opłaty dodatkowej pobieranej przez Pocztę Polską za polecenie przesyłki listowej. Obecnie opłata za traktowanie przesyłki listowej jako poleconej wynosi 2,20 zł. Oznacza to, że do kwoty 6,60 zł odsetki od zaległości podatkowej nie są naliczane.

Za termin dokonania zapłaty podatku uważa się przy zapłacie gotówką dzień wpłacenia kwoty podatku w kasie organu podatkowego lub na rachunek tego organu w banku, w placówce pocztowej, w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej albo dzień pobrania podatku przez płatnika lub inkasenta. W obrocie bezgotówkowym zapłata to dzień obciążenia rachunku bankowego podatnika lub rachunku podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej na podstawie polecenia przelewu.

Z uwagi na to, że kwota do zapłaty jest minimalna, zapłata w formie przelewu byłaby dla podatnika nieekonomiczna. Zapłaciłby więcej za koszty przelewu, niż wynosi kwota wpłaty. Aby tego uniknąć, najbardziej rozsądna byłaby wpłata w kasie konkretnego urzędu skarbowego, szczególnie że podatnik rozliczył się na PIT-37 i nie ma w stosunku do niego wymogu dokonywania rozliczeń z urzędem przez polecenie przelewu.