W przypadku sprzedaży towarów używanych zastosowanie znajdą szczególne procedury opodatkowania podatkiem VAT, stanowiące wyjątek od ogólnej zasady wyrażonej w art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o VAT (Dz. U. z 2004 r. nr 54, poz. 535, ze zm., dalej: "ustawa o VAT"), że podstawą opodatkowania jest obrót, a obrotem jest kwota należna, obejmująca całość świadczenia należnego od nabywcy z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę podatku. W szczególnej procedurze opodatkowaniu podlega natomiast marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku. Podatnicy mogą skorzystać z tej szczególnej procedury wówczas, gdy zakupione towary używane przeznaczone są do dalszej odsprzedaży.

Zgodnie z art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT przez towary używane należy rozumieć ruchome dobra materialne, nadające się do dalszego użytku w ich aktualnym stanie lub po naprawie, inne niż dzieła sztuki, przedmioty kolekcjonerskie i antyki zdefiniowane w pkt 1-3 oraz inne niż metale szlachetne lub kamienie szlachetne (CN 7102, 7103, 7106, 7108, 7110, 7112), (PKWiU 24.41.10.0, 24.41.20.0, ex 24.41.30.0, ex 32.12.11.0, ex 32.12.12.0 i 38.11.58.0). Wyłączeniu, zatem z tej procedury podlega sprzedaż zakupionych wcześniej towarów, które przed dalszą odsprzedażą były przez podatnika użytkowane.

Kolejnym warunkiem koniecznym do skorzystania z wyżej wymienionej procedury, zawartym w art. 120 ust. 10 ustawy o VAT, jest zakup towarów przeznaczonych do dalszej odsprzedaży od:

1) osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, niebędącej podatnikiem lub niebędącej podatnikiem podatku od wartości dodanej,

2) podatników, korzystających ze zwolnienia przedmiotowego na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy o VAT lub podmiotowego na podstawie art. 113 ustawy o VAT,

3) podatników, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana z uwzględnieniem procedury VAT-marży,

4) podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113 ustawy o VAT,

5) podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem od wartości dodanej z uwzględnieniem procedury VAT-marży, a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.

Wspólną cechą wszystkich przedstawionych wyżej przypadków, warunkujących zastosowanie szczególnej procedury opodatkowania marży, jest to, że we wcześniejszej fazie obrotu podmiot sprzedający używany towar pośrednikowi pozbawiony był prawa do odliczenia podatku od towarów i usług naliczonego przy jego nabyciu.

Zagadnieniem opodatkowania marży zainteresowani są w szczególności ci podatnicy, którzy dokonują sprzedaży używanych samochodów. Przy rozstrzygnięciu czy podatnik ma prawo do zastosowania szczególnej procedury w systemie VAT-marża przy sprzedaży samochodu osobowego, ważny jest przepis, na który powołuje się sprzedawca, wystawiający fakturę ze stawką zwolnioną, od którego podatnik zakupuje towar.

Jak wskazał Dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z dnia 25 marca 2011 r., sygn. ILPP2/443-2084/10-2/EN:

"(…) Odnosząc zatem treść przytoczonych przepisów do opisu sprawy stwierdzić należy, że w przypadku zakupu przez Zainteresowanego samochodu udokumentowanego fakturą VAT, na której wskazano, iż dostawa ww. towaru korzysta ze zwolnienia od podatku VAT na podstawie przepisu art. 43 ust. 1 pkt 2 ustawy, który odnosi się w swej treści do definicji towaru używanego, w rozumieniu art. 43 ust. 2 ustawy, będzie miał on prawo w oparciu o przepis art. 120 ust. 4 w związku z art. 120 ust. 10 pkt 2 ustawy do zastosowania opodatkowania na zasadzie marży. Natomiast w sytuacji nabycia przez Wnioskodawcę samochodu osobowego od podmiotu, który dokonał przy jego nabyciu odliczenia podatku naliczonego w części, a przy sprzedaży skorzystał ze zwolnienia na podstawie § 13 ust. 1 pkt 5 rozporządzenia Ministra Finansów, Zainteresowanemu, przy jego dostawie nie będzie przysługiwało prawo do określenia podstawy opodatkowania metodą marży, gdyż nie zostaną spełnione przesłanki, o których mowa w przepisie art. 120 ust. 10 ustawy. W zaistniałej sytuacji należy opodatkować taką transakcję na zasadach ogólnych (…)".