1. Związek podatku naliczonego ze sprzedażą opodatkowaną - odliczanie proporcjonalne

Prawo do odliczenia VAT naliczonego przysługuje, gdy istnieje związek zakupów ze sprzedażą opodatkowaną VAT. Zasadę tę statuuje przepis art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, zgodnie z którym w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi temu przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony. Istotną konsekwencją wynikającą z tego przepisu jest m.in. fakt, iż odliczenie podatku naliczonego stanowi jedynie uprawnienie podatnika, a nie obowiązek. Jest to o tyle istotne, że w przypadku ewentualnej kontroli podatkowej organ kontrolujący nie ma obowiązku uwzględniania kwot podatku naliczonego w sytuacji, gdy podatnik z tego uprawnienia nie skorzystał. W rezultacie podstawę dla określenia zobowiązania podatkowego będzie stanowić deklaracja podatkowa, a więc suma kwot uwzględnionych przez podatnika (lub kwota określona przez organ podatkowy).

Należy zatem pamiętać, iż możliwość odliczenia VAT - co do zasady - stanowi jedynie uprawnienie podatnika, a fakt nieujęcia kwot podatku naliczonego jest przez organy podatkowe utożsamiany z nieskorzystaniem z tego uprawnienia. Również część sądów uznaje, że skoro podatnik nie skorzystał z prawa do odliczenia poprzez złożenie deklaracji, organy nie mają również takiego obowiązku (wyrok z 15 września 2006 r., sygn. akt NSA/IFSL/093/2005). Inaczej wygląda sytuacja, gdy podatnik ujął podatek w złym okresie rozliczeniowym.

Odwołując się do bezpośredniego brzmienia cytowanego przepisu, należy zauważyć, iż możliwość odliczenia VAT będzie dotyczyć wyłącznie przypadków, w których nabycie towarów lub usług wiąże się w sposób pośredni lub bezpośredni ze sprzedażą opodatkowaną (ściślej czynnościami, które uprawniają do odliczenia VAT) - tzw. przesłanka pozytywna.

Konsekwentnie więc, w sytuacji gdy nabyte towary/usługi są związane np. ze sprzedażą zwolnioną z opodatkowania, podatnikowi w ogóle nie przysługuje prawo do odliczenia VAT od takich zakupów.

Z zasadą tą koresponduje także norma przewidziana w art. 90-91 ustawy o VAT. Zgodnie z brzmieniem tych przepisów w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika zarówno do sprzedaży zwolnionej, jak i opodatkowanej - podatnik jest obowiązany do odrębnego przyporządkowania zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną i sprzedażą zwolnioną. Jeżeli jednak nie jest możliwe przyporządkowanie zakupów do poszczególnych rodzajów sprzedaży, podatnik powinien rozliczyć VAT według proporcji odpowiadającej udziałowi sprzedaży opodatkowanej w sprzedaży ogółem, na podstawie obrotów z roku poprzedniego.

W rezultacie, w takim zakresie, w jakim kwoty podatku naliczonego związane są ze sprzedażą zwolnioną (czy to na podstawie bezpośredniego związku, czy to w ramach ustalonej proporcji), podatnikowi nie przysługuje prawo do obniżenie podatku należnego o kwoty podatku naliczonego.

2. Prawidłowe udokumentowanie - faktury VAT

Kolejnym istotnym elementem warunkującym możliwość odliczenia VAT lub jego zakaz jest posiadanie dokumentów potwierdzających dokonanie nabycia towarów i usług (w ramach transakcji krajowych bądź w ramach importu towarów). W rezultacie podstawę do odliczenia VAT stanowić będą, co do zasady, prawidłowo wystawione faktury dokumentujące nabycie towarów lub usług, zapłatę zaliczki, zadatku itp.