Fiskus zakwestionował prawo spółki do odliczenia VAT. Jego zdaniem nie można uznać za kopię faktury dokumentującej dostawę paneli i ich montaż - kopii zawierającej treść: "Budynek Unitanków - fundamenty; roboty budowlane według załącznika". Fiskus stwierdził, że prawo do odliczenia VAT ograniczone jest m.in. przepisem § 50 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia w sprawie VAT. Przepis ten stanowi, że w przypadku gdy nabywca posiada fakturę lub fakturę korygującą niepotwierdzoną kopią u sprzedawcy, faktura ta nie stanowi podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego.

Również w ocenie organu odwoławczego sporna faktura nie została potwierdzona kopią u sprzedawcy. W takiej sytuacji odbiorcy tej faktury nie przysługiwało prawo do obniżenia podatku. Organ odwoławczy wskazał również, że Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 27 kwietnia 2004 r. (sygn. akt 24/03) orzekł o niezgodności z Konstytucją przepisów art. 32a ustawy z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym oraz § 48 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz.U. Nr 27, poz. 268 ze zm.). Natomiast w stanie prawnym rozpatrywanej sprawy obowiązywał § 50 ust. 4 pkt 2 rozporządzenia Ministra Finansów z 22 grudnia 1999 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, którego niekonstytucyjności nie stwierdzono.

W skardze do WSA w Gdańsku spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji Dyrektora Izby Skarbowej. Spółka zarzuciła Izbie błąd w ustaleniach faktycznych polegający na stwierdzeniu, że wydatek wynikający ze spornej faktury nie dotyczy zabudowy konstrukcji hali magazynowej panelami ściennymi, lecz że jest to wydatek stanowiący koszt wytworzenia innego obiektu w postaci budynku, tzw. UNITANK.

WSA uznał rację podatnika, stwierdzając, że decyzja została wydana z naruszeniem prawa. Zdaniem sądu wyłączenie prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony następuje wówczas, gdy spełnione są jednocześnie dwie przesłanki:

1) podatnik ma fakturę niepotwierdzoną kopią u sprzedawcy,

2) sprzedawca nie uwzględnił wykazanej w tej fakturze sprzedaży i podatku należnego w deklaracji VAT.