KSeF już obowiązkowy, ale faktura przychodzi poza systemem. Firma pyta skarbówkę, co wtedy z odliczeniem podatku VAT

• KSeF już obowiązuje, ale część faktur może nadal trafiać do firm poza systemem
• Firma wskazuje konkretną sytuację: kontrahent wystawia PDF zamiast faktury w KSeF, a później wysyła ten sam dokument ponownie
• Pytanie o odliczenie VAT z faktury otrzymanej poza KSeF
• Spółka powołuje się na podstawowe zasady odliczenia VAT i zamknięty katalog przesłanek negatywnych
• PDF albo papier nie powinien odbierać prawa do odliczenia, jeśli faktura potwierdza prawdziwą transakcję
• Dyrektor KIS już wcześniej wskazywał na możliwość odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF
• Co w sytuacji, gdy ten sam dokument pojawi się później w KSeF?
• Spółka uważa, że późniejsza faktura w KSeF nie powinna zmieniać wcześniejszego odliczenia
• Faktura przyszła poza KSeF. Ten dzień ma decydować o odliczeniu VAT, a późniejsze pojawienie się dokumentu w systemie nie zmieni rozliczenia

Sprawa dotyczy spółki z ograniczoną odpowiedzialnością będącej polskim rezydentem podatkowym dla celów podatku dochodowego od osób prawnych oraz czynnym podatnikiem VAT. Przedmiotem jej działalności są przede wszystkim szeroko rozumiane usługi budowlane i budowlano-montażowe, a dokonywane przez nią odpłatne dostawy towarów i świadczenie usług podlegają opodatkowaniu VAT według zasad ogólnych albo, w określonych ustawowo przypadkach, według zasad preferencyjnych. Spółka nabywa również towary i usługi wykorzystywane do bieżącej działalności gospodarczej i wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu VAT.

KSeF już obowiązuje, ale część faktur może nadal trafiać do firm poza systemem

W związku z wejściem w życie przepisów wprowadzających obowiązkowe stosowanie Krajowego Systemu e-Faktur spółka podjęła działania przygotowawcze mające dostosować jej wewnętrzne procesy do nowych zasad. Obejmowały one zarówno rozwiązania techniczne i organizacyjne umożliwiające wystawianie faktur sprzedażowych w formie ustrukturyzowanej za pośrednictwem KSeF, jak również dostosowanie procedur związanych z odbieraniem faktur wystawianych przez dostawców i usługodawców.

Spółka wskazała jednak, że samo wejście w życie obowiązku korzystania z KSeF nie oznacza, że wszystkie faktury zakupowe będą w praktyce od początku otrzymywane za pośrednictwem tego systemu. Podatnicy mogą być bowiem przygotowani do nowych zasad w różnym stopniu, a dodatkowo znaczenie ma odroczenie do 1 stycznia 2027 r. wejścia w życie sankcji za wystawianie faktur z pominięciem KSeF. W ocenie spółki w 2026 r. może to prowadzić do sytuacji, w których dostawcy i usługodawcy nadal będą dokumentowali sprzedaż tradycyjnymi fakturami elektronicznymi albo papierowymi.

Od 1 lutego 2026 r. obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem KSeF objął podatników, których wartość sprzedaży wraz z podatkiem VAT w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł. Od 1 kwietnia 2026 r. obowiązek ten został rozszerzony na pozostałych podatników, z określonymi wyjątkami, w tym między innymi dotyczącymi podmiotów, których wartość sprzedaży brutto w miesiącu nie przekracza 10 tys. zł. Dla tych podmiotów obowiązek wystawiania faktur z wykorzystaniem KSeF ma zaistnieć od 1 stycznia 2027 r.

Firma wskazuje konkretną sytuację: kontrahent wystawia PDF zamiast faktury w KSeF, a później wysyła ten sam dokument ponownie

Wnioskodawca nie wyklucza sytuacji, w której kontrahent mimo obowiązku wystawienia faktury ustrukturyzowanej poprzez KSeF prześle spółce fakturę elektroniczną, na przykład w formacie PDF, albo dokument papierowy. Przyczyny mogą być różne i wynikać zarówno z okoliczności faktycznych, jak i prawnych. Wśród wskazanych przez spółkę powodów znalazła się między innymi błędna ocena statusu podatkowego kontrahenta, uznanie, że nie jest on objęty obowiązkiem stosowania KSeF z uwagi na brak siedziby lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce, a także przyczyny techniczno-organizacyjne.

Istotne jest również to, że według przedstawionego opisu taki dokument może następnie pojawić się w KSeF. Dostawca, który wcześniej przekazał spółce fakturę elektroniczną lub papierową, może po pewnym czasie przesłać ten sam dokument ponownie za pośrednictwem systemu. Spółka wskazuje, że może do tego dojść między innymi w związku z czynnościami sprawdzającymi prowadzonymi przez organy podatkowe wobec dostawców i podwykonawców albo w wyniku działań własnych tych podmiotów, które mają ograniczyć ich ryzyko podatkowe związane ze stosowaniem przepisów VAT.

Spółka wskazuje wprost: „Niezależnie od sposobu jego wystawienia dokumentem potwierdzającym dokonanie transakcji będzie faktura otrzymana przez Spółkę poza KSeF w formacie elektronicznym (np. PDF) lub papierowej albo też faktura ustrukturyzowana otrzymana w KSeF. Spółka będzie również dysponować dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste wykonanie świadczenia udokumentowanego taką fakturą, takimi jak przykładowo: umowa, zamówienie, protokół odbioru towaru lub wykonania usługi, potwierdzenie dokonania płatności, co będzie umożliwiało Spółce przeprowadzenie odpowiedniej kontroli biznesowej ustalającej ścieżkę audytu pomiędzy fakturą a dostawą towaru lub świadczeniem usługi, zapewniającej w szczególności autentyczność pochodzenia czy integralność oraz czytelność faktury.”

Pytanie o odliczenie VAT z faktury otrzymanej poza KSeF

Spółka zwróciła się o rozstrzygnięcie dwóch zasadniczych kwestii. Pierwsza dotyczy prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktury zakupowej otrzymanej w formie elektronicznej lub papierowej, jeżeli została wystawiona poza KSeF przez podmiot, który już powinien korzystać z systemu. Druga odnosi się do sytuacji, w której po takim pierwotnym doręczeniu kontrahent ponownie wystawi i przekaże fakturę za pomocą KSeF. Oto treść pytań przedstawionych przez spółkę:

• „Czy w przypadku otrzymania przez Spółkę faktury zakupowej w postaci elektronicznej (np. PDF) lub papierowej, wystawionej Spółce poza KSeF przez podmiot zobowiązany już do wystawiania faktur ustrukturyzowanych, Spółce przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony z takiego dokumentu, a jeżeli tak – to czy prawo to powstaje w rozliczeniu za okres, w którym Spółka otrzyma taką fakturę, z zastrzeżeniem art. 86 ust. 10, ust. 10c, ust. 10e i ust. 19a VAT?”
• „Czy w przypadku następczego (tj. już po doręczeniu Spółce faktur w postaci elektronicznej lub papierowej) otrzymania przez Spółkę faktury ustrukturyzowanej w KSeF Spółka nie będzie zobligowana do skorygowania odliczenia podatku naliczonego VAT z faktur otrzymanych uprzednio w postaci elektronicznej lub papierowej, dokumentujących te same transakcje dostaw i usług, a w konsekwencji nie będzie miała prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur ustrukturyzowanych wystawionych w KSeF, z uwagi na uprzednie prawidłowe odliczenie VAT naliczonego z faktur wystawionych i otrzymanych w postaci elektronicznej np. PDF lub papierowej?”

Wątpliwość nie dotyczy zatem tego, czy doszło do rzeczywistego zakupu. Spółka opisuje sytuację, w której towary lub usługi są faktycznie nabywane i wykorzystywane do działalności opodatkowanej VAT, a transakcje są dodatkowo potwierdzane dokumentacją gospodarczą. Problemem jest forma wystawienia dokumentu oraz ewentualne późniejsze przekazanie tego samego dokumentu przez KSeF.

Spółka powołuje się na podstawowe zasady odliczenia VAT i zamknięty katalog przesłanek negatywnych

W swoim stanowisku Wnioskodawca podkreśla, że prawo do odliczenia podatku naliczonego powinno przysługiwać w przypadku rzeczywistych czynności gospodarczych, jeżeli spełnione są materialnoprawne przesłanki odliczenia i nie występują przesłanki negatywne wskazane w art. 88 ustawy o VAT. Zdaniem spółki forma wystawienia faktury oraz sposób jej doręczenia nie powinny same w sobie prowadzić do utraty prawa do odliczenia.

Podstawą stanowiska jest art. 86 ust. 1 ustawy o VAT. Zgodnie z przytoczoną argumentacją podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy, przysługuje w zakresie, w jakim nabyte towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, prawo do odliczenia podatku naliczonego, z zastrzeżeniem przepisów szczególnych. W art. 86 ust. 2 pkt 1 wskazano natomiast, że kwota podatku naliczonego obejmuje łączną wartość podatku wykazanego na fakturach otrzymanych przez podatnika w związku z nabyciem towarów lub usług albo dokonaniem w całości lub części zapłaty przed realizacją dostawy lub wykonaniem usługi.

Ważne znaczenie ma również art. 88 ustawy o VAT. Spółka podkreśla, że „ jedynie zaistnienie przesłanek wskazanych w art. 88 skutkuje ustawowym wyłączeniem prawa do odliczenia, niezależnie od spełnienia pozostałych warunków materialnoprawnych. Negatywne przesłanki mają charakter bezwzględny i ich wystąpienie stanowi normatywną przeszkodę w realizacji prawa do odliczenia”.

PDF albo papier nie powinien odbierać prawa do odliczenia, jeśli faktura potwierdza prawdziwą transakcję

Wnioskodawca odnosi się również do definicji faktury zawartych w ustawie o VAT. Zgodnie z art. 2 pkt 31 fakturą jest dokument w formie papierowej lub elektronicznej, zawierający dane wymagane przepisami ustawy oraz aktami wykonawczymi. Faktura elektroniczna, zgodnie z art. 2 pkt 32, to faktura w formie elektronicznej, wystawiona i otrzymana w dowolnym formacie elektronicznym, natomiast faktura ustrukturyzowana jest fakturą wystawioną przy użyciu KSeF, której nadano numer identyfikujący w systemie.

W tym kontekście spółka argumentuje, że faktura wystawiona poza KSeF nie staje się automatycznie dokumentem pozbawionym znaczenia dla odliczenia VAT. Jeżeli dokument potwierdza faktyczną transakcję gospodarczą, a nabyte towary lub usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, podstawowe materialne przesłanki odliczenia pozostają spełnione.

Spółka pisze we wniosku w ten sposób: „Niezależnie jednak od istniejącego po stronie dostawców obowiązku wystawienia faktur w sposób ustrukturyzowany i doręczenia ich Spółce za pośrednictwem KSeF, w świetle obowiązujących regulacji sposób wystawienia i doręczenia faktury ma charakter wtórny wobec przesłanek materialnych odliczenia podatku naliczonego. Sam fakt, że dokument zostanie przekazany poza KSeF - w formie dokumentu elektronicznego np. PDF lub w formie papierowej — nie stanowi sam w sobie podstawy do odmowy prawa do odliczenia po stronie nabywcy. Uchybienia dotyczące formy i kanału wystawienia faktury odnoszą się bowiem do sfery formalnej leżącej po stronie wystawcy i nie zostały wskazane przez ustawodawcę w zamkniętym katalogu wyłączeń prawa do odliczenia określonym w art. 88 ustawy o VAT. Skoro ustawodawca enumeratywnie zakreślił sytuacje skutkujące pozbawieniem podatnika prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT, to nie jest dopuszczalne rozszerzanie tego katalogu w drodze wykładni, która byłaby wykładnią rozszerzającą a więc niedopuszczalną.”

VAT 2026. Komentarz

Dyrektor KIS już wcześniej wskazywał na możliwość odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF

Wnioskodawca wskazuje również na wcześniejszą praktykę interpretacyjną organów podatkowych. Wśród przywołanych przykładów znalazła się interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 12 sierpnia 2025 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG. W przytoczonym stanowisku wskazano: „Powyższe wynika z faktu, że dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku. Ponadto prawo do odliczenia przysługuje również, jeżeli importowane lub nabyte towary i usługi dotyczą dostawy towarów lub świadczenia usług przez podatnika poza terytorium kraju, jeżeli kwoty te mogłyby być odliczone, gdyby czynności te były wykonywane na terytorium kraju, a podatnik posiada dokumenty, z których wynika związek odliczonego podatku z tymi czynnościami. Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego.”

Spółka przywołuje również interpretację Dyrektora KIS z 4 marca 2025 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA. W tym przypadku podkreślono, że w art. 88 ustawy o VAT nie wskazano jako przesłanki negatywnej sytuacji, w której podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług wystawionych wbrew obowiązkowi bez użycia KSeF. Wnioskodawca wskazuje także na interpretację z 19 marca 2024 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.596.2023.3.KK, w której również podkreślono znaczenie rzeczywistego charakteru transakcji oraz fakt, że katalog przypadków pozbawiających podatnika prawa do odliczenia nie obejmuje wystawienia faktury poza KSeF, jeżeli faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze.

W materiale wskazano ponadto na analogiczne konkluzje zawarte w interpretacjach Dyrektora KIS z 12 sierpnia 2025 r. nr 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG, 13 października 2025 r. nr 0113-KDIPT1-3.4012.833.2025.2.ALN, 20 października 2025 r. nr 0114-KDIP1-3.4012.739.2025.1.AMA oraz 2 kwietnia 2026 r. nr 0114-KDIP4-2.4012.146.2026.1.MC.

Co w sytuacji, gdy ten sam dokument pojawi się później w KSeF?

Druga kwestia przedstawiona przez spółkę dotyczy sytuacji, w której najpierw otrzyma ona fakturę elektroniczną albo papierową, a dopiero później kontrahent wystawi tę samą fakturę ponownie w KSeF. Zdaniem Wnioskodawcy późniejsze pojawienie się faktury ustrukturyzowanej nie powinno powodować obowiązku korygowania wcześniej prawidłowo dokonanego odliczenia VAT.

Argumentacja opiera się na założeniu, że „ (...) taka faktura ustrukturyzowana wystawiona ponownie z użyciem KSeF, będzie stanowić jedynie wypełnienie wymogów formalnych po stronie dostawcy lub usługodawcy jako podatnika VAT. Z perspektywy jednak terminu rozliczenia podatku naliczonego po stronie Spółki następcze wystawienie dla tej samej transakcji faktury ustrukturyzowanej w KSeF powinno pozostać neutralne, ponieważ podatek naliczony został już prawidłowo rozliczony na podstawie faktur wystawionych i otrzymanych w postaci elektronicznej lub papierowej.”

Spółka idzie w swoim stanowisku jeszcze dalej, wskazując, że późniejsze wystawienie faktury ustrukturyzowanej w sytuacji, gdy wcześniej wystawiono dokument elektroniczny lub papierowy, może być traktowane jako działanie mające na celu naprawienie wcześniejszego błędu po stronie kontrahenta. W ocenie Wnioskodawcy takie działanie nie powinno jednak wpływać na wcześniej dokonane przez nabywcę rozliczenie VAT.

Spółka uważa, że późniejsza faktura w KSeF nie powinna zmieniać wcześniejszego odliczenia

Wnioskodawca podkreśla, że przyjęcie odmiennego podejścia mogłoby oznaczać uzależnienie sytuacji podatkowej nabywcy od sposobu wykonywania obowiązków przez jego kontrahenta. Tymczasem to dostawca lub usługodawca odpowiada za wystawienie faktury w odpowiedniej formie i przy użyciu właściwego systemu. Nabywca może natomiast dysponować dokumentem, który potwierdza faktyczne wykonanie świadczenia, jego wartość, zapłatę oraz związek z prowadzoną działalnością opodatkowaną VAT.

Spółka wskazuje: „W ocenie Spółki również następcze (tj. już po doręczeniu Spółce faktur w postaci elektronicznej lub papierowej) otrzymanie przez nią w zakresie tych samych transakcji zakupu faktur ustrukturyzowanych wystawionych przez jej kontrahentów ponownie z użyciem KSeF nie będzie wpływało na zmianę terminu rozliczenia podatku naliczonego VAT w odniesieniu do przedmiotowych transakcji, tj. nie będzie powodowało konieczności korygowania odliczenia podatku naliczonego dokonanego z faktur otrzymanych uprzednio w postaci elektronicznej lub papierowej.”

Spółka kończy swoje stanowisko stwierdzeniem, że „(...) w przedstawionym stanie faktycznym i zdarzeniach przyszłych będzie ona uprawniona do odliczenia podatku naliczonego VAT na podstawie otrzymanych dokumentów, przy czym należy uznać, że momentem otrzymania faktury w opisywanym stanie faktycznym i zdarzeniach przyszłych jest moment faktycznego otrzymania przez Spółkę dokumentu faktury w postaci elektronicznej np. PDF lub papierowej. Będzie to możliwe z uwagi na spełnienie materialnoprawnych podstaw odliczenia podatku naliczonego VAT, w szczególności udokumentowane zakupy związane będą z prowadzoną przez Spółkę działalnością gospodarczą, opodatkowaną VAT. Jednocześnie, nie zaistnieje żadna z przesłanek negatywnych przewidzianych w art. 88 ustawy o VAT”.

Faktura przyszła poza KSeF. Ten dzień ma decydować o odliczeniu VAT, a późniejsze pojawienie się dokumentu w systemie nie zmieni rozliczenia

Dyrektor KIS uznał, że „Skoro więc jak wskazano powyżej przysługuje / będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktury wystawionej poza KSeF, w postaci elektronicznej (np. PDF) lub papierowej (ponieważ, dokument ten stanowi fakturę w rozumieniu ustawy o VAT i zawiera wszystkie wymagane elementy), to należy przyjąć, że datą powstania prawa do odliczenia podatku VAT z takiej faktury jest / będzie data jej faktycznego otrzymania poza Krajowym Systemem e-Faktur.

W efekcie stwierdzić należy, że data faktycznego otrzymania faktury spoza KSeF będzie uznana za datę powstania prawa do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z tego dokumentu, zgodnie z art. 86 ust. 10 w zw. z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy, zakładając spełnienie pozostałych warunków. Termin ten nie zmieni się gdy faktura zostanie później przez Kontrahenta udostępniona w KSeF.

Późniejsze otrzymanie przez Państwa faktury ustrukturyzowanej wystawionej ponownie przez Kontrahenta przy użyciu KSeF, dokumentującej tę samą transakcję, do której Kontrahent uprzednio wystawił Fakturę Zakupową poza KSeF (w postaci elektronicznej (np. PDF) lub papierowej), nie będzie skutkowało koniecznością dokonywania korekty rozliczeń podatkowych sporządzonych z uwzględnieniem danych wynikających z pierwotnie otrzymanej Faktury Zakupowej poza KSeF.

Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 1 i 2 jest prawidłowe.”