Co decyduje o tym, czy wynagrodzenie stanowi koszt kwalifikowany, a więc taki, który dodatkowo, w ramach ulgi na badania i rozwój, można odliczyć od przychodu. Zdaniem dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o odliczeniu kosztów pracowniczych nie decydują zapisy w umowie o pracę, a liczy się faktyczna realizacja zadań badawczo-rozwojowych.
Wydatki związane z zawartymi umowami cywilnoprawnymi (zlecenia lub umowami o dzieło) z osobami fizycznymi, w tym również dotyczącymi wykonania ekspertyz, nabycia wyników badań naukowych, nie mogą być zaliczone do „kosztów kwalifikowanych” w ramach działalności badawczo-rozwojowej. Tym samym nie wejdą one do kalkulacji podstawy ulgi na działalność badawczo-rozwojową.