W postępowaniu podatkowym za dowód może zostać uznane wszystko, co przyczynia się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem, w tym przede wszystkim księgi podatkowe, deklaracje, opinie biegłych, informacje podatkowe oraz inne zgromadzone dokumenty. Pod uwagę brany jest również dowód z zeznań świadka. Jakie czynności musi podjąć organ podatkowy, aby nie doszło do uchybienia w toku przesłuchania?
Od momentu akcesji Rzeczypospolitej Polskiej do Unii Europejskiej, czyli od 1 maja 2004 r., Polska zobowiązana jest przestrzegać prawa unijnego. Oznacza to, że przepisy krajowe powinny być interpretowane z uwzględnieniem uregulowań wspólnotowych i orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. W zakresie podatku od towarów i usług, interpretacja ta, powinna uwzględniać głównie Dyrektywy 112/2006/WE (w odniesieniu do stanu prawnego z 2011) oraz orzecznictwo TSUE, odnoszące się do tego aktu. Nie jest jednak tajemnicą, że w praktyce polskie organy podatkowe miewają duże trudności z wdrożeniem tych zasad w swojej działalności.
Problem ten dotyczy dowodów znajdujących się w posiadaniu podatnika. Przez dowód należy rozumień wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 §1 Ordynacji podatkowej, Dz.U. 1997 nr 137 poz. 926 ze zm.) W szczególności będą to więc księgi podatkowe, złożone przez podatnika deklaracje, wystawione lub otrzymane faktury, potwierdzenia dokonania przelewów, wyjaśnienia etc.
Pełnomocnik, działający w imieniu i na rzecz przedsiębiorcy, przed wykonaniem jakiejkolwiek czynności, musi uzyskać stosowne pełnomocnictwo. Jeżeli chce on składać deklaracje podatkowe i przesyłać je za pośrednictwem sieci Internet zwykłe pełnomocnictwo nie jest wystarczające. Niezbędne jest złożenie do urzędu skarbowego w formie papierowej pełnomocnictwa do podpisywania deklaracji składanych za pomocą środków komunikacji elektronicznej na druku UPL-1. Obowiązek ten dotyczy księgowych, doradców podatkowych, biur rachunkowych a także wszystkich innych pełnomocników składających deklaracje PIT-28, PIT-36, PIT-36L.
W związku z nowelizacją ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych płatnicy podatku PIT oraz podmioty niepełniące funkcji płatnika w tym podatku zostali zobowiązani do przesyłania urzędom skarbowym deklaracji (PIT-4R, PIT-8AR), informacji (PIT-8C, PIT-11, PIT-R, IFT-1, IFT-3) oraz rocznego obliczenia podatku (PIT-40) za pomocą środków komunikacji elektronicznej. Nowelizacja objęła również Rodzinne ogrody działkowe (ROD).
W przypadku wątpliwości co do przepisu podatkowego, urząd, wydając decyzję, także sąd wydając wyrok, będą miały obowiązek orzec na korzyść podatnika - takie rozwiązanie zakłada projekt noweli Ordynacji podatkowej podpisany i skierowany do Sejmu przez prezydenta. W projekcie zaproponowano także zmiany, które mają dać podatnikowi pewność, że administracja podatkowa nie będzie prowadzić spraw w nieskończoność.
22 lipca 2014 r. Sejm rozpatrywał trzy projekty nowelizacji ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zmiany mają dotyczyć w szczególności upowszechnienia elektronicznego składania deklaracji w ramach systemu e-podatki, wstępnego wypełniania PIT w imieniu podatnika przez organ podatkowy, zwolnienia z PIT odszkodowań lub zadośćuczynień, które wynikają z układów zbiorowych pracy lub innych porozumień zbiorowych, regulaminów i statutów, a także "kredytu podatkowego" dla nowych przedsiębiorców.
