Organ podatkowy odmówił wydania interpretacji, stwierdzając, że wniosek o jej wydanie nie dotyczy przepisów prawa podatkowego. Sąd uznał jednak inaczej, wskazując, że pojęcia „przepisy prawa podatkowego”, o którym mowa w Ordynacji podatkowej, nie można ograniczać wyłącznie do ustaw, które w swoim tytule zawierają takie pojęcie.
Jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego, świadcząc odpłatne usługi, stają się podatnikami VAT. Jednak część usług wykonują nieodpłatnie, w ramach realizacji zadań publicznoprawnych. Rozdzieleniu dla potrzeb podatku VAT działalności w ramach tych dwóch sfer służy tzw. prewspółczynnik. Mimo że sama ustawa o VAT daje podatnikom możliwość dostosowania sposobu określenia proporcji, fiskus wymusza stosowanie metod określonych w akcie niższej rangi, jakim jest rozporządzenie.
Od dnia 1 października 2016 r. wejdzie w życie ustawa narzucająca wszystkim gminom, miastom, powiatom i województwom obowiązek tzw. centralizacji rozliczenia podatku od towarów i usług. Przypomnę, że od ponad dwudziestu lat podatnikami tego podatku są w sektorze samorządu terytorialnego tylko jednostki i zakłady budżetowe, podobnie zresztą jak w sektorze rządowym, gdzie podatnikami są jednostki budżetowe. Jednostki samorządu terytorialnego jako osoby prawne nie są podatnikami podatku, bo nie wykonują obiektywnie żadnych czynności podlegających opodatkowaniu, podobnie zresztą jak np. Skarb Państwa. Zresztą czy samorząd terytorialny tworzony przez ogół mieszkańców gminy, czy może on na zdrowy rozum być podatnikiem czegokolwiek?
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.