Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Umowne zniesienie współwłasności, które polega na podziale rzeczy wspólnej, ma charakter rozporządzenia tą rzeczą i prowadzi do uzyskania przez każdego ze współwłaścicieli wyłącznego prawa własności do nowej rzeczy, co na gruncie podatku VAT stanowi dostawę towaru. Jeśli czynność ta ma charakter odpłatny, wyrażający się zastosowaniem dopłaty pieniężnej, to nieodpłatne zniesienie współwłasności rzeczy nie podlega opodatkowaniu VAT – orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.
Pracownicy otrzymują od swoich pracodawców różnego rodzaju świadczenia. Na sposób rozliczenia VAT z tego tytułu wpływa m.in. to, czy obowiązek spełnienia danego świadczenia wynika z odrębnych przepisów (głównie prawa pracy), czy też jest to świadczenie wynikające z dobrej woli pracodawcy. Nie bez znaczenia, dla właściwego rozliczenia podatku od świadczeń dokonanych na rzecz pracowników, jest również źródło finansowania wydatków. Mimo że przepisy w tym zakresie od dawna nie uległy zmianie, organy podatkowe często zmieniają swoje stanowiska na temat rozliczenia tych świadczeń.