Od 1 września 2019 r. zostanie ograniczona możliwość korzystania ze zwolnienia z VAT ze względu na wysokość obrotów. Z tego zwolnienia nie będą mogli korzystać podatnicy, bez względu na wysokość sprzedaży, gdy prowadzą sklepy internetowe m.in. z preparatami kosmetycznymi, komputerami, sprzętem gospodarstwa domowego. Zakaz korzystania ze zwolnienia będzie dotyczył również sklepów stacjonarnych sprzedających części samochodowe i do motocykli. Ze zwolnienia nie skorzystają także podatnicy świadczący usługi ściągania długów, w tym faktoringu. Oznacza to obowiązek złożenia zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R lub jego aktualizacji zasadniczo do 31 sierpnia 2019 r.
24 czerwca 2019 r. opublikowany został projekt ustawy o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy – Kodeks karny skarbowy, przygotowany przez Ministra Finansów. Ta nowelizacja ustawy o VAT ma zmienić (uprościć, ujednolicić i uszczelnić) od 1 stycznia 2020 r. niektóre zasady rozliczania VAT w handlu towarami wewnątrz UE. W szczególności ma dojść do wprowadzenia uproszczeń i zharmonizowania zasad korzystania z magazynów typu call-off stock, zharmonizowania regulacji w zakresie tzw. transakcji łańcuchowych, doprecyzowania zasad stosowania zwolnienia z prawem do odliczenia (stawki 0%) przy WDT oraz zniesienia limitu obrotów, od którego uzależniona jest możliwość dokonywania zwrotu podatku VAT podróżnym przez samego sprzedawcę.
Z uwagi na niższe koszty pracy w Polsce bardzo popularne jest delegowanie polskich pracowników do pracy w innych państwach członkowskich UE, szczególnie tam, gdzie wykonywanie tych usług nie wymaga dużego zaplecza. Tak jest z usługami usługi opieki nad osobami niepełnosprawnymi, przewlekle chorymi lub osobami w podeszłym wieku, świadczone w miejscu ich zamieszkania przez określone podmioty, które korzystają ze zwolnienia przedmiotowego art. 43 ust. 1 pkt 23 ustawy o VAT. Sam fakt korzystania z takiego zwolnienia, jak również transgraniczne świadczenie usług, może być źródłem wątpliwości podatkowych w zakresie rozliczenia tych usług.
Wyrok TSUE w sprawie Paper Consult (C 101/16) z 19 października 2017 r., dotyczący prawa do odliczenia VAT od podatników „nieaktywnych”, tak jak się można było spodziewać uwzględnia opinię Rzecznika Generalnego. Rzecznik wypowiadając się czerwcu br. w sprawie pytań prejudycjalnych, wniesionych przez rumuński sąd wskazał bowiem, że dyrektywa 2006/112 stoi na przeszkodzie przepisom państw UE, które przewidują odmowę odliczenia z tego tylko powodu, że podatnik, od którego nabyto towary lub usługi, został uznany za „nieaktywnego". Powyższe potwierdził również TSUE w orzeczeniu z 19 października 2017 r.
4 października 2017 r. Komisja Europejska przedstawiła plany największej od 25 lat, reformy unijnych przepisów dotyczących podatku VAT, która ma mieć miejsce w latach 2019-2022. Modernizacja unijnego VAT jest konieczna, bowiem straty w dochodach z VAT sięgają ponad 150 mld euro rocznie. Zdaniem KE ok. 50 mld euro strat pochodzi z transgranicznych oszustw i wyłudzeń związanych z VAT. Są to być może środki, które zasilają organizacje przestępcze i międzynarodowy terroryzm. KE przewiduje, że kwota tych oszustw mogłaby się zmniejszyć o 80 proc. dzięki proponowanym zmianom.
Nowe przepisy w zakresie VAT, które obowiązują od początku tego roku, pozwalają urzędnikom stosunkowo łatwo wykreślić podatnika z rejestru VAT, nawet go o tym nie informując. Takie konsekwencje wywołać może przyjęcie faktury VAT od kontrahenta, który nigdy nie był czynnym podatnikiem lub przestał nim być. Aby ustrzec się przed nimi, należy odpowiednio wcześnie weryfikować kontrahentów w bazach VIES i NIP.