Senat zgłosił do ustawy dziewięć poprawek, w większości doprecyzowujących przepisy. Merytoryczny charakter miały poprawki dotyczące stawek VAT na ciastka, usług portowych i opodatkowania owsa.
Ciastka
Zgodnie z wnioskiem senatorów, 8-proc. stawką podatku zostaną objęte "wyroby ciastkarskie i ciastka świeże, których data minimalnej trwałości, oznaczona zgodnie z odrębnymi przepisami, nie przekracza 45 dni". W wyniku nowelizacji z 2010 r. z tej stawki mogą korzystać producenci, których ciastka mają termin ważności nieprzekraczający 14 dni. Według Senatu, ograniczenie to przyjęto zbyt pochopnie.
Zdaniem Ministerstwa Finansów wydłużenie terminu będzie korzystne dla wielu małych firm - produkujących ciastka, których termin do spożycia przekracza miesiąc, np. ze względów dystrybucyjnych.
Usługi portowe
Również Sejm zgodził się z poprawką Senatu rozszerzającą zakres usług portowych z zerowym VAT-em. Według Senatu ustawa w brzmieniu uchwalonym przez Sejm uniemożliwiła korzystanie ze stawki zerowej m.in. przez spedytorów, niewykonujących przewozów, czy też przez podmioty wykonujące morskie przewozy krajowe między dwoma polskimi portami.
Poprawka Senatu przywraca stosowanie zerowego VAT-u na usługi przy obsłudze morskich i lądowych środków transportu bez względu na czyją rzecz są one świadczone. Rozszerza też zerową stawkę na obsługę żeglugi śródlądowej.
Ponadto Senat wprowadził nową definicję usług służących bezpośrednim potrzebom ładunków. Zalicza się do nich - z określonymi wyjątkami - załadunek, wyładunek, przeładunek oraz inne usługi wykonywane na tych ładunkach niezbędne do wykonania usługi ich transportu.
Owies
Senat zdecydował także, by 5 proc. stawka dotycząca zbóż, w tym pszenicy czy jęczmienia, objęła także owies. Zdaniem Senatu, owies mieści się w kategorii produktów o charakterze podstawowym lub wrażliwym społecznie, które są opodatkowane obniżoną stawką.
Ubranka i obuwie dziecięce
Uchwalona przez Sejm nowelizacja ustawy o VAT przewiduje także m.in. wzrost z 8 proc. do 23 proc. VAT na ubranka niemowlęce i obuwie dziecięce. Konieczność podniesienia VAT na ubranka dla niemowląt i obuwie dla dzieci jest konsekwencją wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, który w październiku 2010 r. orzekł, że Polska ma zaprzestać stosowania preferencyjnej stawki VAT na te towary - teraz to 8 proc. - i obłożyć je stawką podstawową - 23 proc. ETS uznał, że nasze przepisy są sprzeczne z regulacjami unijnymi.
Rząd zaproponował pierwotnie, by podatku wzrósł od 1 lutego 2011 r., ale sejmowa komisja finansów wprowadziła do projektu poprawkę Marka Wikińskiego z SLD - zaproponował termin od 1 stycznia 2012 r.
Pakiety medyczne
Ponadto nowelizacja zakłada, że utrzymane zostanie zwolnienie z VAT pakietów medycznych fundowanych przez firmy pracownikom. Zmiana przesądza, że ze zwolnienia nadal będą korzystać oferujący usługi tzw. opieki paliatywnej (nad osobami śmiertelnie chorymi).
Działania marketingowe
Ustawa przewiduje także zmiany działań marketingowych, w ramach których przekazywane są nieodpłatnie towary kontrahentom lub konsumentom. Przekazanie gadżetów, prezentów świątecznych, wygranych w konkursach będzie wiązało się z koniecznością uiszczenia podatku przez podmiot wydający. Zwolnione z VAT zostaną towary o wartości do 10 zł lub 100 zł w przypadku, gdy prowadzona jest ewidencja świadczeń na rzecz danej osoby.
Terminy wejścia w życie
Nowelizacja ma wejść w życie 1 kwietnia 2011 r. Przepisy przesuwające kompetencje dotyczące dopuszczenia do obrotu kas fiskalnych z Ministerstwa Finansów na Główny Urząd Miar wejdą w życie 1 września 2011 r., a podwyżka VAT na artykuły dziecięce 1 stycznia 2012 r.