Zwrot VAT: Tylko organ I instancji może przedłużyć termin – przełomowy wyrok WSA

Robert Nogacki
radca prawny
rozwiń więcej
Zwrot VAT: Tylko organ I instancji może przedłużyć termin – przełomowy wyrok WSA / Shutterstock

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi orzekł, że termin zwrotu VAT może zostać przedłużony wyłącznie przez organ I instancji i tylko w trakcie trwającego postępowania. Przedłużenie nie jest dopuszczalne po uchyleniu decyzji i przekazaniu sprawy do ponownego rozpatrzenia.

Zwrot VAT tylko w ramach aktywnego postępowania – wyrok WSA

Termin zwrotu podatku VAT nie może zostać przedłużony w ramach postępowania odwoławczego. Postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu może być wydane tylko w momencie prowadzenia postępowania w danej procedurze, a więc nie w sytuacji, gdy sprawa trafi do ponownego rozpatrzenia. Tak, na korzyść przedsiębiorcy, orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w wyroku z 9 kwietnia 2025 r.

Autopromocja

Oznacza to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może zostać zastosowane tylko przez organ I instancji, który prowadzi postępowanie w danej procedurze i to on decyduje o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania. Jeśli organ odwoławczy uchyli decyzję organu I instancji i przekaże mu sprawę do ponownego rozpoznania, to nie ma on już możliwości ponownego przedłużenia terminu zwrotu VAT.

Kontrole podatkowe coraz intensywniejsze

Nadal niezapełniona w poprzednich latach luka w VAT powoduje każdego roku intensywną aktywność organów podatkowych. W 2023 r. urzędy skarbowe wykryły w ramach kontroli podatkowych i czynności sprawdzających uszczuplenia na kwotę 9,5 mld zł, czyli więcej niż rok wcześniej (ok. 9 mld zł).

Od 2023 r. rośnie również liczba kontroli VAT, podczas gdy przez osiem poprzednich lat dominowały kontrole w zakresie podatków dochodowych (PIT, CIT). Urzędy skarbowe zatrzymują też coraz więcej zwrotów VAT. Wracają również sprawy karuzeli podatkowych, szczególnie dotyczących usług budowlanych. Organy podatkowe interesują się także m.in. usługami niematerialnymi, ale nie tylko.

Fikcyjne faktury i podejrzenie karuzeli VAT

Naczelnik urzędu skarbowego przeprowadził w jednej z firm kontrolę podatkową m.in. w zakresie rozliczeń z 2016 r., w wyniku której stwierdził, że faktury dokumentujące nabyte przez nią tekstylia są fikcyjne. Uznał, że firma uczestniczyła w karuzeli podatkowej, w której nabywała tkaniny od kontrahenta w Polsce, a dostawy kierowane były na Słowację.

W 2019 r. wydał decyzję, w której określił przedsiębiorcy ponad 63 tys. zł zwrotu VAT zamiast wykazanych przez niego w deklaracji do zwrotu 432 tys. zł.

Trzykrotne przedłużenie – bez skutku

W 2021 r. dyrektor izby administracji skarbowej podtrzymał decyzję naczelnika w mocy. Na początku 2022 r. uchylił ją sąd, a w listopadzie 2023 r. jego wyrok podtrzymał NSA. Pół roku później DIAS zastosował się do wyroku i uchylił w całości decyzję organu I instancji, zwracając mu sprawę do ponownego rozpatrzenia.

Od sierpnia 2024 r. naczelnik urzędu skarbowego trzykrotnie przedłużał termin zwrotu VAT pozostałych 369 tys. zł, i trzykrotnie jego postanowienia w tej sprawie podtrzymywał w mocy dyrektor izby administracji skarbowej.

NSA: brak jednoznacznych dowodów

Dyrektor IAS tłumaczył, że tak długo prowadzone postępowanie w tej sprawie to „wina” Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w swoim wyroku zwrócił uwagę, że organy podatkowe nie zdołały jednoznacznie, zrozumiale i przekonująco wyjaśnić, na czym polegało zarzucane przedsiębiorcy oszustwo podatkowe. Dlatego też zasadnym było prowadzenie tego postępowania tak długo, aż urzędnicy zgromadzą dowody na rzeczywiste uszczuplenie przez przedsiębiorcę wpływów Skarbu Państwa.

Zasady zwrotu VAT według ustawy

Na początku 2025 r. pełnomocnik przedsiębiorcy wniósł skargę do WSA w Łodzi, wnosząc o uchylenie decyzji organu II instancji i zasądzenie zwrotu kosztów postępowania. Sąd poddał pod analizę treść art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług.

Przepis ten stanowi, że zwrot VAT następuje w zasadniczym terminie 60 dni liczonych od dnia złożenia przez podatnika rozliczenia w tym podatku, z którego wynika zwrot. Jeśli jego zasadność wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanego w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego, albo postępowania kontrolnego. Po zakończeniu weryfikacji pozytywnym dla podatnika wynikiem, organ zobowiązany jest dokonać na jego konto zwrotu wraz z odsetkami.

Przesłanki skutecznego przedłużenia zwrotu

W oparciu o ww. regulację sąd stwierdził, że aby mogło dojść do skutecznego przedłużenia terminu zwrotu podatku, muszą zostać spełnione łącznie 3 przesłanki:

  1. termin do dokonania zwrotu jeszcze nie upłynął,
  2. weryfikacja odbywa się w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, postępowania podatkowego albo kontrolnego,
  3. powzięcie przez organ przekonania o konieczności dodatkowej weryfikacji co najmniej z uprawdopodobnionych powodów.

Co istotne, mając na uwadze treść wyroku NSA wydanego w składzie 7 sędziów z 23 kwietnia 2018 r. (sygn. I FSK 255/17), termin zwrotu VAT może zostać skutecznie przedłużony tylko gdy przed jego upływem podatnikowi doręczy się postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu. Po upływie tego terminu przedłużanie terminu zwrotu podatku jest niemożliwe, bo wraz z jego upływem podatnik nabiera prawa do zwrotu.

Polecamy: Komplet podatki 2025

Tylko organ I instancji może przedłużać termin

WSA dodatkowo podzielił wyrażane w orzecznictwie stanowisko, że skoro weryfikacja rozliczenia podatnika ma być dokonywana w ramach określonych postępowań, to postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu podatku może być wydane tylko w momencie prowadzenia tych postępowań, a więc nie może zostać wydane w trakcie postępowania odwoławczego.

Oznacza to, że postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT może zostać zastosowane tylko przez organ I instancji, który prowadzi postępowanie w danej procedurze i to on decyduje o tym, czy zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania.

Po uchyleniu decyzji nie można przedłużyć zwrotu VAT

Sąd zauważył, że co prawda w tej sprawie zaskarżone postanowienie o przedłużeniu z grudnia 2024 r. zostało wydane w czasie trwania postępowania przed organem I instancji, jednak postępowanie to toczy się przed tym organem ponownie – po uchyleniu wcześniejszej decyzji naczelnika US z października 2019 r.

A po uchyleniu decyzji nie jest możliwe wydanie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VATorgan I instancji nie nabywa bowiem w skutek uchylenia takich uprawnień (wyrok WSA w Łodzi z 9 kwietnia 2025 r., sygn. akt I SA/Łd 100/25).

Jak przygotować firmę do kontroli?

Jak przygotować firmę do kontroli podatkowej? Kluczowe jest uporządkowanie dokumentacji finansowo-księgowej. Warto stworzyć system archiwizacji i obiegu dokumentów, który ułatwi przebieg kontroli.

Przeprowadzanie regularnych audytów wewnętrznych pozwala na wykrycie ewentualnych nieprawidłowości zanim zostaną one zauważone przez kontrolerów. Współpraca z doradcą podatkowym również może pomóc w rozwiązywaniu problemów podatkowych, a także w przygotowaniu się do ewentualnej kontroli.

Warto pamiętać, że konsekwencje zakwestionowania rzeczywistego charakteru czynności opodatkowanych mogą być poważne, również w zakresie odpowiedzialności karnej i karnoskarbowej.

oprac. Adam Kuchta
rozwiń więcej
Księgowość
Darowizna od brata ponad limit 36 120 zł. Jakie warunki muszą zostać spełnione, żeby nie stracić prawa do zwolnienia podatkowego?
10 lip 2025

Co robić gdy darowizna przekazana przez brata przekracza limit kwoty wolnej w wysokości 36 120 zł? Czy podlegała zwolnieniu od podatku od spadków i darowizn, pomimo że jest dokonywana z majątku wspólnego brata i jego małżonki? Jakie warunki muszą zostać spełnione, żeby nie stracić prawa do zwolnienia?

KSeF wymusi zmiany. Rejestry VAT i wydatki pracownicze po nowemu od 2026 roku
09 lip 2025

Wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur to jeden z najważniejszych projektów cyfryzacyjnych polskiej administracji podatkowej ostatnich lat. Od 1 lutego lub od 1 kwietnia 2026 roku – w zależności od poziomu sprzedaży w 2024 roku – podatnicy VAT będą zobowiązani do wystawiania faktur wyłącznie w formie elektronicznej za pośrednictwem KSeF. To nie tylko zmiana technologiczna, ale także rewolucja organizacyjna, która wymusi dostosowanie systemów księgowych, procesów wewnętrznych i codziennej pracy działów finansowych.

Kredyt EKOlogiczny 2025 – bezzwrotna dotacja dla firm na modernizację energetyczną. Jakie warunki trzeba spełnić?
09 lip 2025

Już od października 2025 r. przedsiębiorcy będą mogli ubiegać się o dofinansowanie z Kredytu EKOlogicznego – dotacji realizowanej w ramach programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki (FENG 3.01).

Obowiązkowy KSeF: kogo obejmie, jak fakturować w czasie awarii? Co czeka podatników VAT w 2026 roku?
09 lip 2025

Ponad pół rok dzieli przedsiębiorców od dnia, w którym elektroniczne fakturowanie stanie się w Polsce obowiązkowe. W zależności od poziomu sprzedaży w 2024 roku, firmy będą musiały dołączyć do Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) od 1 lutego lub od 1 kwietnia 2026 roku. Od tego momentu korzystanie z KSeF stanie się obowiązkowe dla wszystkich podatników VAT czynnych. Firmy mają już niewiele czasu, by dostosować swoje systemy, procedury i zespoły do nowych wymogów.

Ulga termomodernizacyjna i zwolnienie z podatku dochodowego (PIT) dla osób realizujących przedsięwzięcia termomodernizacyjne. Najnowsze objaśnienia Ministra Finansów z 2025 r.
09 lip 2025

W dniu 30 czerwca 2025 r. Minister Finansów wydał objaśnienia podatkowe odnośnie form wsparcia przedsięwzięcia termomodernizacyjnego w podatku dochodowym od osób fizycznych. Objaśnienie te dotyczą rozwiązań podatkowych (ulga termomodernizacyjna i zwolnienie podatkowe), które wspierają przedsięwzięcie termomodernizacyjne na gruncie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej „ustawa PIT”), oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (dalej „ustawa o ryczałcie”). Objaśnienia zawierają ogólne wyjaśnienia przepisów prawa podatkowego oraz uwzględniają stan prawny obowiązujący na dzień 1 stycznia 2025 r. Objaśnienia podatkowe są wydawane przez ministra finansów na podstawie art. 14a § 1 pkt 2 ustawy – Ordynacja podatkowa z urzędu w celu zapewnienia jednolitego stosowania przepisów prawa podatkowego przez organy podatkowe. Warto w szczególności zwrócić uwagę na zmieniony wykaz wydatków uprawniających do odliczenia w ramach ulgi rehabilitacyjnej. Walorem tych objaśnień są także liczne przykłady wyjaśniające treść przepisów. Publikujemy poniżej pełną treść tych objaśnień.

Nowe tachografy nie aż tak inteligentne jak zakładano. Na jakie błędy muszą uważać kierowcy i firmy transportowe?
09 lip 2025

Od 19 sierpnia 2025 roku w przewozach międzynarodowych w UE wymagane będą już wyłącznie najnowsze tachografy inteligentne często oznaczane jako tachografy G2V2, czyli druga wersja tachografów inteligentnych. Obecnie w transporcie międzynarodowym stanowią one już większość tachografów. Choć nowe urządzenia rejestrujące miały za zadanie ułatwiać pracę firmom transportowym, to jednak są zawodne i mogą powodować wiele trudności przy rozliczaniu i kontroli czasu pracy kierowców. Na jakie błędy nowych smart tachografów trzeba uważać i jak skutecznie sobie z nimi radzić?

Patologiczna prywatyzacja majątku firm? Rada Przedsiębiorców wzywa rząd do pilnych zmian w prawie
09 lip 2025

Rada Przedsiębiorców alarmuje: niekontrolowane postępowania upadłościowe sprzyjają nadużyciom i grabieży majątku firm. W liście do premiera Donalda Tuska organizacja apeluje o zmiany legislacyjne, które mają zakończyć nieformalny system patologicznej prywatyzacji i chronić interes publiczny.

Jak korzystać w praktyce z procedury VAT OSS – rejestracja, rozliczenia, płatności, ewidencja
09 lip 2025

Procedura OSS (ang. One Stop Shop) obowiązuje w Polsce od 1 lipca 2021 r., jednak wciąż wiele firm nie zdaje sobie sprawy, jak bardzo może ona uprościć ich rozliczenia podatkowe w zakresie VAT. Choć na pierwszy rzut oka może wydawać się skomplikowana, przy wsparciu doświadczonego doradcy jej wdrożenie jest szybkie i efektywne, a korzyści z jej stosowania znaczące.

Stawka VAT 0%: Jak poprawnie udokumentować dostawę wewnątrz UE, by nie stracić na podatku?
08 lip 2025

Wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (WDT) może być opodatkowana stawką VAT 0%, ale tylko pod warunkiem spełnienia określonych wymogów formalnych. Sprawdź, czym dokładnie jest WDT, jakie dokumenty są niezbędne, by transakcja była zgodna z przepisami i jak uniknąć pułapek, które mogą skutkować dodatkowymi kosztami podatkowymi.

Urlop na samozatrudnieniu (kontrakt B2B) - komu przysługuje i co trzeba wiedzieć?
09 lip 2025

Zmęczenie i potrzeba oddechu od maili, telefonów i projektów to uczucia, które dobrze zna nie tylko pracownik etatowy. Coraz więcej samozatrudnionych prowadzących jednoosobowe działalności gospodarcze przyznaje wprost: chcieliby odpocząć, ale mają wątpliwości, co będzie się działo z ich firmą podczas dłuższej nieobecności. Często nie wiedzą nawet, jakie prawa do odpoczynku im przysługują. Wyjaśniamy, jakie mechanizmy prawne, podatkowe oraz organizacyjne mogą pomóc przedsiębiorcy złapać oddech.

pokaż więcej