W umowie spółki partnerskiej, której dotyczy wyrok NSA, ustalono, że od tego, ile zarobi spółka na usługach świadczonych klientom przez danego wspólnika, zależy udział tego wspólnika w przychodzie spółki. Inaczej ustalono natomiast udział poszczególnych wspólników w kosztach działania spółki.
Powstał problem, jakie koszty uzyskania przychodu brać pod uwagę przy obliczaniu dochodu wspólnika dla potrzeb podatku dochodowego: czy takie, jakie wynikają z umowy, czy liczone według tej samej proporcji, co przychody.
W wyroku z 6 października 2011 r. (sygn. II FSK 704/10) NSA orzekł, że koszty należy obliczać według tej samej proporcji, co przychody. Przyznał, że wspólnicy spółek partnerskich mogą swobodnie określać w umowie spółki sposób podziału zysku i nie musi być on taki sam, jak podział kosztów przypisanych poszczególnym wspólnikom. Takie prawo przyznaje im kodeks spółek handlowych (k.s.h.). Nie przekłada się to natomiast na sposób liczenia podatku.
NSA przypomniał, że o tym, jak obliczać podatek, decydują art. 8 ust. 1 i ust. 2 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Zgodnie z tymi przepisami, przychody wspólnika z udziału w spółce niebędącej osobą prawną, w tym także w spółce komandytowej, określa się proporcjonalnie do jego prawa w udziale w zysku. Gdy nie ma innego dowodu przyjmuje się, że prawa do udziału w zysku są równe. Zasady te stosuje się odpowiednio do rozliczania kosztów uzyskania przychodów, wydatków niestanowiących kosztów uzyskania przychodów i strat.
To oznacza - jak stwierdził NSA - że "wspólnicy spółki partnerskiej mogą określić prawo do udziału w zysku w spółce - w dowolnej (dopuszczalnej przepisami k.s.h.) proporcji, według której będą rozliczane przychody z udziału w spółce, jednakże konsekwentnie w takiej samej proporcji winny też być dla celów podatkowych rozliczane koszty uzyskania przychodów."
Wyrok jest prawomocny.