Zgodnie z art. 15 ust. 1 ordynacji podatkowej organy podatkowe przestrzegają z urzędu swojej właściwości rzeczowej i miejscowej.
Dodatkowo przestrzegają również właściwości instancyjnej z uwagi na zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego (art. 127 ordynacji podatkowej).
Organami pierwszej instancji są:
1) naczelnik urzędu skarbowego (PIT, CIT, VAT, PCC, podatek od spadków i darowizn),
2) naczelnik urzędu celnego (podatek akcyzowy),
3) wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa (podatki: od nieruchomości, od środków transportowych, leśny rolny, opłaty lokalne).
4) dyrektor izby skarbowej;
5) dyrektor izby celnej;
Organami drugiej instancji są:
1) dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej - jako:
a) organ odwoławczy odpowiednio od decyzji naczelnika urzędu skarbowego lub naczelnika urzędu celnego,
b) organ odwoławczy od decyzji wydanej przez ten organ w pierwszej instancji;
2) samorządowe kolegium odwoławcze - jako organ odwoławczy od decyzji wójta, burmistrza (prezydenta miasta), starosty albo marszałka województwa.
Ponadto organem podatkowym (pierwszej i drugiej instancji) jest Minister Finansów publicznych - jako:
1) organ pierwszej instancji w sprawach stwierdzenia nieważności decyzji, wznowienia postępowania, zmiany lub uchylenia decyzji lub stwierdzenia jej wygaśnięcia - z urzędu;
2) organ odwoławczy od decyzji wydanych w sprawach, o których mowa w pkt 1;
3) organ właściwy w sprawach porozumień dotyczących ustalenia cen transakcyjnych;
4) organ właściwy w sprawach interpretacji przepisów prawa podatkowego,
5) organ właściwy w sprawach informacji przekazywanych przez banki i spółdzielcze kasy oszczędnościowo-kredytowe o założonych i zlikwidowanych rachunkach bankowych związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Wyjątkowo tylko Rada Ministrów może, w drodze rozporządzenia, nadać uprawnienia organów podatkowych:
1) Szefowi Agencji Wywiadu,
2) Szefowi Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego,
3) Szefowi Centralnego Biura Antykorupcyjnego,
4) Szefowi Służby Wywiadu Wojskowego,
5) Szefowi Służby Kontrwywiadu Wojskowego
- jeżeli jest to uzasadnione ochroną tajemnicy państwowej i wymogami bezpieczeństwa państwa.
W zakresie indywidualnych interpretacji podatkowych organem właściwym są:
- Minister Finansów, który działa przez upoważnionych Dyrektorów Izb Skarbowych;
- wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta lub marszałek województwa (podatki: od nieruchomości, od środków transportowych, leśny rolny, opłaty lokalne).
Jako właściwość należy rozumieć zdolność organu podatkowego do prowadzenia określonego rodzaju spraw dotyczących zobowiązań podatkowych lub innych spraw normowanych przepisami prawa podatkowego, przy czym właściwość rzeczowa jest to zdolność prawna organu podatkowego do prowadzenia spraw określonej kategorii.
W wypadku nieprawidłowego wyboru organu podatkowego przez podatnika, płatnika, inkasenta i osoby trzeciej odpowiedzialnej za zaległości podatkowe, organ obowiązany jest do przekazania sprawy organowi podatkowemu, który w świetle jego oceny jest organem właściwym rzeczowo lub miejscowo.
Jednocześnie powinien zawiadomić o przekazaniu sprawy podmiot, który ją nieprawidłowo skierował. W tym wypadku podanie wniesione do organu niewłaściwego przed upływem terminu określonego przepisami prawa uważa się za wniesione z zachowaniem terminu.
Paweł Huczko