Z podatku od nieruchomości zwolnione są m.in. grunty położone na obszarach objętych ochroną ścisłą, czynną lub krajobrazową, służące bezpośrednio osiąganiu celów z zakresu ochrony przyrody - w parkach narodowych oraz w rezerwatach przyrody. Z wyjątkiem miejsc wyznaczonych w planie ochrony całkowicie wyłącza się użytkowanie takich gruntów na cele związane z działalnością gospodarczą. Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską negatywnie odniosło się do propozycji objęcia zwolnieniem z podatku od nieruchomości również obszarów objętych programem Natura 2000.
Resort wskazał, że brak jest ograniczeń w możliwym dysponowaniu takimi gruntami. Odmiennie niż w przypadku parków narodowych i rezerwatów przyrody grunty położone na obszarach objętych programem mogą być wykorzystywane do celów prowadzenia działalności gospodarczej, o ile znacząco negatywnie nie oddziaływałoby to na cele ochrony obszaru Natura 2000. Jeżeli jednak profil działalności podatnika byłby z tymi celami sprzeczny, a przez to wymagałby dostosowania do wymogów ochrony środowiska, to ustawodawca przewidział możliwość uzyskania przez właściciela lub posiadacza obszaru Natura 2000 zwrotu kosztów dostosowania oraz stosownych rekompensat utraconych korzyści. Ewentualne ograniczenia w dysponowaniu gruntem tam położonym są więc dla podatnika ekonomicznie neutralne.
Zdaniem MF nie ma więc uzasadnienia dla wprowadzenie dla tej grupy podatników przywilejów w podatku od nieruchomości.