Spółka dokonała wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów. W jednym z miesięcy odliczyła podatek naliczony w części, natomiast w kolejnych miesiącach odliczyła całość podatku. Zdaniem urzędu kontroli skarbowej miała prawo do odliczenia podatku jedynie w części, zgodnie z art. 20 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług. Urząd nałożył więc na spółkę dodatkowe zobowiązanie VAT (tzw. sankcję). Powołał się zarówno na przepisy ustawy o VAT z 1993 roku, jak i przepisy obowiązującej ustawy z 2004 roku. UKS przytoczył także wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 12 marca 2005 r. (sygn. I FPS 2/05). Stwierdził on, że po 30 kwietnia 2004 r. dopuszczalne jest ustalenie podatnikowi VAT dodatkowego zobowiązania podatkowego za okresy rozliczeniowe sprzed 1 maja 2004 r. na podstawie art. 109 ust. 4 ustawy z 2004 roku.
Spółka złożyła zażalenie do dyrektora izby skarbowej, który podtrzymał stanowisko organu I instancji. W skardze do WSA spółka zarzuciła organom naruszenie przepisów obu ustaw o VAT.
WSA w Warszawie oddalił skargę spółki. Sąd podkreślił, że wiąże go wykładnia dokonana przez NSA. Skład orzekający wojewódzkiego sądu podzielił stanowisko przedstawione przez NSA. Oznacza to, że organ miał prawo nałożyć na spółkę dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
Sygn. akt III SA/Wa 963/07
ŁUKASZ ZALEWSKI