Jednym z tytułów uprawniających podatnika do odliczeń w ramach ulgi budowlanej było wnoszenie wkładu budowlanego na mieszkanie w spółdzielni. Podobnie jak inne tytuły do tej ulgi, uprawnienie to ustało od 1 stycznia 2002 r. wskutek działania przepisów ustawy z dnia 21 listopada 2001 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz.U. nr 134, poz. 1509 z późn. zm.). Jednakże ta sama ustawa (art. 4) zagwarantowała podatnikom, którzy podjęli już inwestycję mieszkaniową, prawo do odliczania od podatku dalszych wydatków na kontynuację danej inwestycji – poniesionych od dnia 1 stycznia 2002 r. do dnia 31 grudnia 2004 r. Natomiast w art. 6 tejże ustawy przedłużono działanie przepisu art. 27a ust. 13, który nakładał na podatników wycofujących wkład budowlany zwracanie dokonanych uprzednio odliczeń z tego tytułu.
Na dodatek w art. 7 ustawodawca zobowiązał spółdzielnie mieszkaniowe do sporządzania na tę okoliczność, w trzech egzemplarzach i według ustalonego wzoru, informacji o wysokości wycofanego wkładu budowlanego lub mieszkaniowego wniesionego do spółdzielni od dnia 1 stycznia 1992 r. Dzieje się tak także wtedy, gdy podatnik nie wycofuje wkładu, ale przenosi go do innej spółdzielni, gdyż ustawa przewidziała, że jedyną okolicznością, w której spółdzielnia nie składa tej informacji, jest złożenie przez podatnika oświadczenia, że wycofany wkład nie był odliczony od jego dochodu lub od podatku.
W konsekwencji wielu podatników spotkało się ze stanowiskiem urzędów skarbowych, że przeniesienie wkładu budowlanego do innej spółdzielni nie tylko nie uprawnia ich do kontynuowania odliczeń w ramach praw nabytych, ale dodatkowo obliguje do doliczenia do podatku kwot uprzednio odliczonych z tego tytułu. Tymczasem to nie spółdzielnia mieszkaniowa – wystawiając taką informację – ani nawet urząd skarbowy decydują o tym, czy przeniesienie wkładu z jednej spółdzielni do drugiej jest równoznaczne z wycofaniem wkładu, ale przepisy ustaw podatkowych. Na takim stanowisku stanął też sąd administracyjny, który w jednej z takich spraw orzekł, że przeniesienie wkładu budowlanego do innej spółdzielni mieszkaniowej nie może być traktowane na równi ze zwykłym wycofaniem wkładu ze spółdzielni. W konsekwencji nie powoduje obowiązku doliczenia do podatku kwot, które wcześniej zostały odliczone z tytułu ulgi budowlanej. Mało tego, dalsze wydatki z tytułu wkładu, dokonywane na rachunek tej innej spółdzielni, stanowią „kontynuację danej inwestycji”, która uprawniała podatnika do kontynuowania odliczeń w latach 2002-2004 (wyrok WSA w Warszawie z 13 stycznia 2005 r., III SA/Wa 365/04, niepublikowany).