Jak podkreślono w uzasadnieniu do proponowanych zmian, w dotychczasowym stanie prawo do używania broni palnej w ograniczonym przedmiotowo zakresie kontroli skarbowej przysługiwało pracownikom zatrudnionym w wyodrębnionych komórkach kontroli skarbowej, zwanych komórkami realizacyjnymi oraz w wąskim zakresie pracownikom wywiadu skarbowego.
Proponowane uchylenie art. 2a ustawy o kontroli skarbowej oznacza rezygnację z zadania komórek realizacyjnych zapewniania ochrony fizycznej i technicznej inspektorom i pracownikom kontroli skarbowej. Z uwagi na fakt, że realizacja powyższego zadania niesie ze sobą bezpośrednie i znaczne zagrożenie życia i zdrowia pracowników i inspektorów kontroli skarbowej oraz podjętej decyzji o rezygnacji z broni palnej, konieczne jest wykreślenie obowiązku zapewniania tej pomocy. W przypadkach gdy konieczne będzie zapewnienie ochrony inspektorom i pracownikom kontroli skarbowej, będą oni mogli prosić m.in. policję czy Agencję Bezpieczeństwa Wewnętrznego o udzielenie pomocy lub asysty.
Kolejna propozycja ma na celu umożliwienie organom kontroli skarbowej nabywania towarów i usług w ramach tzw. transakcji celowej. Ma to doprowadzić do większej skuteczności ujawniania przestępstw i wykroczeń karnych skarbowych. Chodzi np. o przestępstwa i wykroczenia polegające na dokonaniu sprzedaży z pominięciem kasy rejestrującej. Transakcję celową przeprowadzaliby upoważnieni przez generalnego inspektora kontroli skarbowej lub dyrektora urzędu kontroli skarbowej inspektorzy lub pracownicy. Po zakończeniu transakcji celowej inspektor lub pracownik musiałby okazać osobie, z którą przeprowadzono transakcję celową, legitymację i znak identyfikacyjny. Legitymacji można by nie okazywać tylko w sytuacji, gdy byłoby to niezbędne dla zapewnienia skutecznego przeprowadzenia operacji. Z przeprowadzenia transakcji celowej inspektor lub pracownik sporządzałby protokół. Transakcja celowa nie miałaby zatem charakteru niejawnego. Osoba, w stosunku do której przeprowadzono transakcję celową, mogłaby w terminie 7 dni wnieść zastrzeżenia do protokołu. Kontrolę nad przeprowadzaniem transakcji celowej sprawowałby prokurator okręgowy.
Proponuje się uchylenie dwóch dotychczasowych uprawnień komórek realizacyjnych – do zatrzymywania i przeszukiwania osób, pomieszczeń, bagażu i ładunku czy do przeprowadzania kontroli rodzaju używanego paliwa. Uchylając te uprawnienia z ustawy o kontroli skarbowej, wzięto pod uwagę art. 288 Ordynacji podatkowej uprawniający kontrolujących do przeszukiwania lokali mieszkalnych i innych pomieszczeń. „Wychodząc z założenia, iż dublowanie uprawnień nie jest konieczne, podjęta została decyzja o wykreśleniu powyższego uprawnienia komórek realizacyjnych” – podkreślono w uzasadnieniu do projektu.
W projekcie uchyla się uprawnienia kontroli skarbowej wynikające z przepisów kodeksu karnego skarbowego do zatrzymywania i przymusowego doprowadzania na rozprawę oskarżonego w razie jego nieusprawiedliwionego niestawiennictwa.
Proponowane zmiany mają na celu umożliwienie organom kontroli skarbowej uzyskania informacji o posiadaczu rachunku bankowego, który sam go ujawnił i w stosunku do którego z wcześniejszych ustaleń wynika, że nie zgłosił do opodatkowania działalności gospodarczej lub uzyskuje dochody nieznajdujące pokrycia w ujawnionych źródłach przychodów. Zmieniono też regulację dotyczącą tajemnicy skarbowej poprzez umożliwienie organom kontroli skarbowej jej ujawnienia, w sytuacji gdy kontrolowany publicznie przedstawia zarzuty dotyczące prowadzonego postępowania lub gdy wyrazi zgodę na jej ujawnienie.