Branie czynnego udziału w toczącym się postępowaniu podatkowym, daje podatnikowi możliwość wyrównania szans i zapewnienie równoprawnej pozycji, której celem końcowym jest określenie faktycznego stanu badanej sprawy i udowodnienie swoich racji.
Zgodnie z opinią Naczelnego Sądu Administracyjnego, wyrażonej w wyroku z 19 grudnia 2007 r., II FSK 1468/06 „poprzez aktywny udział w postępowaniu podatkowym,…, strona powinna dążyć do wykazania, jak wyglądał stan faktyczny sprawy. Musi ona zarazem ponosić konsekwencje całkowicie biernej, ograniczającej się do sformułowania przypuszczeń jak ten stan „mógł wyglądać”, postawy.”
W innym wyroku z dnia 19 kwietnia 2006 r., III SA/Wa 255/06, WSA w Warszawie stwierdził, że organ podatkowy powinien zapewnić podatnikowi możliwość czynnego udziału w postępowaniu. W szczególności, jeżeli organ korzysta z dowodu w postaci zeznań świadków, do jego obowiązków należy dopuszczenie podatnika do udziału we wszystkich przesłuchaniach.
Wszystko to prowadzi do istotnego dla podatnika wniosku, że brak jego udziału w toczącym się przeciwko niemu postępowaniu decyduje o wykorzystaniu dowodów w tej sprawie. Mianowicie, jeżeli strona nie miała możliwości wzięcia udziału i wypowiedzenia się, co do przeprowadzonych dowodów przed wydaniem decyzji, nie mogą one zostać uznane za udowodnione.
Podatnik powinien być odpowiednio wcześnie informowany o każdej czynności postępowania. Podatnik powinien mieć zapewnioną możliwość odpowiedniego przygotowania się do mającej nastąpić czynności.
Należy jeszcze zwrócić uwagę, że bardzo istotne znaczenie dla czynnego udziału strony w postępowaniu ma art. 200 ordynacji, który stwierdza, że przed wydaniem decyzji organ podatkowy wyznacza stronie siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego. Podatnik ma więc ustawowe prawo do wypowiedzenia się na temat zebranych dowodów w postępowaniu podatkowym.
Orzecznictwo administracyjne bardzo mocno staje po stronie podatnika, podkreślając znaczenie jego udziału w postępowaniu podatkowym. WSA w wyroku z 19 września 2006 r., I SA/Po 1385/05 jasno stwierdza m.in., że nie można pozbawić strony prawa wypowiedzenia się w sprawie zebranych dowodów przed wydaniem decyzji nawet w takich przypadkach, w których wynik rozstrzygnięcia wydaje się być dla organu podatkowego oczywisty. Należy pamiętać, że przedstawione uprawnienie ma zastosowanie zarówno w postępowaniu w pierwszej, jak i w drugiej instancji, czyli w postępowaniu odwoławczym.
Na zakończenie należy podkreślić, że brak czynnego udziału strony w postępowaniu podatkowym, ma swoje odzwierciedlenie w art. 240 § 1 pkt 4 ordynacji, mówiącym o przesłankach wznowienia postępowania. Zgodnie z jego brzmieniem w sprawie zakończonej decyzją ostateczną wznawia się postępowanie, jeżeli strona nie z własnej winy nie brała udziału w postępowaniu.