Po wyroku WSA w Krakowie z 3 kwietnia 2009 r. (sygn. I SA/Kr 147/09), wydanym w związku z wyrokiem ETS z 22 grudnia 2008 r. w sprawie Magoora (sygn. C-414/07) wydawało się, że wątpliwości już nie ma.
W ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie wprowadzona od 1 maja 2004r. całkowita zmiana kryteriów (czyli konieczność posiadania homologacji zawierającej dane o ładowności samochodu oraz faktyczne zwiększenie granicznej ładowności samochodów poprzez wprowadzenie tzw. wzoru Lisaka) opisujących samochody, co do których wprowadzono ograniczenia przy odliczaniu podatku naliczonego, spowodowała, że zmiany zasad odliczania podatku naliczonego zawartego w zakupach paliwa do samochodów wykorzystywanych w działalności opodatkowanej wykraczały poza granice dopuszczalnych ograniczeń w rozumieniu art. 17 ust. 6 akapit drugi Szóstej Dyrektywy, były więc sprzeczne celami tej dyrektywy - a więc niedopuszczalne.
W konsekwencji (zdaniem WSA w Krakowie) przekroczenia z dniem 1 maja 2004 r. przez państwo polskie granic dopuszczalnych ograniczeń wyznaczonych przez art. 17 ust. 6 akapit drugi Szóstej Dyrektywy, od tego dnia nie mają zastosowania wszelkie określone w prawie krajowym ograniczenia w odliczaniu podatku naliczonego zawartym w zakupach dotyczących wydatków na nabycie paliwa do samochodów wykorzystywanych w działalności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług. W szczególności nie ma w całości zastosowania obowiązujący obecnie (tj. w brzmieniu od 22 sierpnia 2005 r.) art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. art. 86 ust. 3 ustawy o VAT.
Dlatego w ocenie Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie podatnicy w oparciu o art. 17 ust. 2 Szóstej Dyrektywy mają pełne prawo do odliczenia VAT naliczonego zawartego w cenie samochodu, jak również w zakupach paliw do własnego czy leasingowanego samochodu - niezależnie od typu tego samochodu, jego rozmiarów, ładowności lub tonażu.
Jedynym warunkiem uprawniającym do odliczania podatku naliczonego zawartego w zakupach paliwa jest wykorzystywanie samochodu, z którym związane są zakupy paliwa, do działalności opodatkowanej podatkiem od towarów i usług.
Niestety Ministerstwo Finansów i inne organy podatkowe nie akceptują takiej wykładni i uważają, że w miejsce tzw. wzoru Lisaka weszły poprzednio obowiązujące ograniczenia w odliczaniu VAT – czyli konieczność posiadania homologacji (tzw. kratka).
Również ostatnio pojawił się wyrok WSA we Wrocławiu (sygn. I SA/Wr 1393/09), w którym sąd podzielił stanowisko Ministra Finansów zawarte w indywidualnej interpretacji podatkowej. Zdaniem WSA we Wrocławiu nadal obowiązują ograniczenia w odliczaniu VAT zawarte w uchylonej ustawie o VAT z 1993 roku.
Trudno się zgodzić z taką tezą. Dalsze obowiązywanie uchylonych przepisów podatkowych bywa dopuszczane w polskim systemie prawnym w celu ochrony tzw. praw nabytych podatników. Przykładowo w odniesieniu do ulg budowlanych dopuszczano odliczenia w ramach tych ulg po uchyleniu przepisów ich dotyczących jeżeli tylko fakty (wydatek na cel budowlano-mieszkaniowy) zaistniały podczas obowiązywania tych przepisów.
Wydaje się, że w kontekście odliczania VAT od samochodów bliższe prawdy jest jednak stanowisko WSA w Krakowie zaprezentowane w ww. wyroku z 3 kwietnia 2009 r..
Zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie sąd krajowy dokonując wykładni prowspólnotowej zgodnej z celami dyrektywy, a także wykładni dokonywanej zgodnie z zasadą skuteczności prawa wspólnotowego nie może samodzielnie (jak władza prawodawcza) konstruować norm prawnych faktycznie nieistniejących w krajowym porządku prawnym tj. opartych na nieistniejących (uchylonych) przepisach prawa krajowego.
W szczególności nie może tego czynić odnośnie tak skomplikowanych przepisów, że nakładających na strony sporu (organy podatkowe i podatników) konieczność przeprowadzenia wnikliwej analizy wymagającej wiedzy specjalistycznej (w zakresie przepisów dotyczących homologacji samochodów).
Taka wykładnia przepisów krajowych obowiązującej ustawy o VAT, polegająca na nakazie stosowania ustawy względniejszej i sprowadzająca się do skonstruowania normy nie mającej jakiegokolwiek oparcia w obowiązującym akcie prawnym (tzn. niezawartej w wyraźnym i obowiązującym tekście aktu prawnego), sprzeczna byłaby z zasadą prawidłowej legislacji i zasadą państwa prawa, a także z zasadą nakładania podatków jedynie w drodze ustawy (art. 2, art. 7, art. 84 i art. 217 Konstytucji).
Dlatego Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie nie podzielił poglądów tej części sądów administracyjnych, które dostrzegając niedopuszczalność rozszerzenia ograniczeń w odliczaniu podatku naliczonego z dniem 1 maja 2004r. przyjęły jednocześnie, że dotychczasowemu ograniczeniu z art. 25 ust. 1 pkt 3a ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. "... będzie przysługiwać ochrona wynikająca z klauzuli stałości przewidzianej w art. 17 ust. 6 VI Dyrektywy. Jeżeli jednak zaistnieją sytuacje, w których przepis art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 86 ust. 3 i 5 (...) będzie zmniejszał rzeczony zakres ograniczenia podatku naliczonego na korzyść podatników, wówczas to jemu należy przyznać pierwszeństwo w stosowaniu w odniesieniu do tych konkretnych podatników. W tylko bowiem takich sytuacjach należy przyjąć, że ww. przepis będzie zgodny z celem VI Dyrektywy" (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z 4 kwietnia 2007 r. sygn. akt I SA/Wr 1852/07 oraz podobne: wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Bydgoszczy sygn. akt I SA/Bd 763/07 oraz wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego we Wrocławiu z dnia 11 kwietnia 2008r. sygn. akt 1892/07).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie nie podzielił poglądów co do wykładni art. 88 ust. 1 pkt 3 w zw. z art. 86 ust. 3 i 5 ustawy o VAT zaprezentowanej w ww. orzeczeniach sądów administracyjnych również dlatego, że taka wykładnia pozostawiłaby wiele niejasności. W praktyce bowiem, przy wielości różnych modeli samochodów, które co do zasady mogłyby podlegać dodatkowym zmianom konstrukcyjnym, i wielości porządków prawnych dotyczących świadectw homologacji (zmieniające się przepisy krajowe i przepisy poszczególnych państw członkowskich Wspólnoty) nie jest wykluczone, że konkretny model, samochodu mógłby w Polsce uzyskiwać świadectwo homologacji inne niż w pozostałych państwach członkowskich lub w jednym z tych państw.
W rezultacie, gdyby konkretny model samochodu mógł hipotetycznie uzyskać w którymkolwiek z państw członkowskich świadectwo homologacyjne na samochód inny niż osobowy w okresie od 30 kwietnia 2004r.(tj. sprzed 1 maja 2004r.) do dnia zakupu paliwa - logiczną konsekwencją ww. wykładni byłoby umożliwienie podatnikowi prawa do odliczenia.
Również skomplikowana procedura ustalania czy konkretny samochód uprawnia do odliczeń (podatku naliczonego zawartego w zakupach paliwa) utrudniłaby po 1 maja 2004r. korzystanie z prawa do odliczeń gwarantowanych prawem krajowym tj. art. 86 ust. 1 ustawy o VAT i art. 17 ust. 2 Szóstej Dyrektywy co również sprzeczne jest z sposobem rozumienia klauzuli stałości (por. wyrok z 11 grudnia 2008r. w sprawie C-371/07 Danfoss A/S i AstraZeneca powołany w pkt 36 ww. wyroku z dnia 22 grudnia 2008r. o sygn. C-414/07)
Dlatego zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, rekonstruowanie normy prawnej w kształcie proponowanym przez Ministra Finansów w zakresie stosowania przepisów obowiązujących przed 1 maja 2004r. z uwzględnieniem obowiązku posiadania homologacji na inne samochody niż osobowe przy dokonywaniu odliczeń - wymagałoby przyjęcia założenia, że zmiany przepisów dotyczących świadectw homologacji (z uwzględnieniem skutków stosowania tego typu przepisów w innych krajach członkowskich Wspólnoty Europejskiej) nie zmieniały zasad kwalifikacji typów pojazdów.
Założenia takiego nie można wg WSA w Krakowie przyjąć z góry, ponieważ każda zmiana przepisów, niepolegająca na wprowadzeniu w życie tożsamego brzmienia przepisów w porównaniu do przepisów uchylanych, może zawsze skutkować zmianami uprawnień lub obowiązków wynikających z wprowadzanych zmian.
W konsekwencji wykładnia prawa krajowego w formie proponowanej przez Ministra Finansów i organy podatkowe, doprowadziłaby do całkowitego pominięcia brzmienia przepisu obowiązującej w krajowym porządku ustawy o VAT i jednoczesnego stworzenia nowej normy prawnej w oparciu o przepis uchylony (art. 25 ust. 1 pkt 3a ustawy z dnia 8 stycznia 1993r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym) z uwzględnieniem konieczności porównywania skutków zmian dotyczących przepisów prawa drogowego (rozporządzenia w sprawie świadectw homologacji były rozporządzeniami wykonawczymi do ustawy - Prawo drogowe).
Źródłem prawa nie byłby jednak wtedy przepis ustawowy ale orzeczenie sądu, co sprzeczne jest z art. 84 i 217 Konstytucji, nakazującym nakładanie podatków jedynie w drodze ustawy. Dodatkowo, dokonana w ten sposób wykładnia prawa krajowego powodowałaby znaczne trudności (jak to Sąd uzasadniał powyżej) w praktycznym jej stosowaniu zarówno przez podatników jak i organy podatkowe. Na marginesie sprawy warto zaznaczyć, że art. 86 ust. 6 ustawy o VAT w literalnym brzmieniu obowiązującym w okresie od 1 maja 2004 r. do 21 sierpnia 2005 r. wskazywał na konieczność posiadania homologacji jedynie w celu wykazania ładowności i ilości miejsc w samochodzie aby dokonać obliczeń zgodnie z art. 86 ust.3 ustawy o VAT w ówczesnym brzmieniu (wzór Lisaka).
Sytuacja, w której sądy administracyjne wydają odmienne wyroki stawia podatników w wyjątkowo niepewnej sytuacji. Tylko uchwała NSA lub nowelizacja przepisów mogłaby ten stan zmienić.