W nowelizacji uchwalonej przez Sejm nie było vacatio legis dla zmian w ustawie - miały wejść w życie "z dniem ogłoszenia". Ponadto Senat zgłosił do noweli poprawkę doprecyzowującą przepis przejściowy. Zgodnie z nim, do wniosków złożonych i nierozpatrzonych do dnia wejścia w życie ustawy, należałoby stosować wcześniejsze przepisy.
Teraz poprawkami zgłoszonymi przez Senat zajmie się Sejm.
Zgodnie ze zmianami uchwalonymi przez posłów, na zwrot części VAT zawartego w cenie materiałów budowlanych inwestorzy będą mieć nie 6 miesięcy, jak obecnie, ale cztery miesiące. Według obecnych przepisów podatnicy, którzy tzw. systemem gospodarczym remontują mieszkania lub budują domy, mogą - w terminie 6 miesięcy - uzyskać zwrot kwoty odpowiadającej części VAT zawartego w cenie kupionych przez nich materiałów budowlanych. Odpowiada ona różnicy między 22-proc. stawką podatku VAT, a 7-proc. stawką.
Pierwotny projekt zmian, przygotowany przez sejmową Komisję "Przyjazne Państwo", przewidywał skrócenie terminu do 60 dni, co ujednoliciłoby go z terminem zawartym w znowelizowanej w ubiegłym roku ustawie o podatku od towarów i usług. "Spowoduje to uwolnienie środków finansowych dotychczas zamrożonych poprzez niezgodne z zasadą neutralności brzmienie przepisu, przyczyniając się do zwiększenia możliwości szybszego ukończenia budowy lub remontu" - argumentowali autorzy projektu.
Skróceniu terminu do 60 dni sprzeciwił się rząd. Według resortu finansów, analogia do zwrotu VAT jest nietrafna, w przypadku materiałów budowlanych nie ma mowy o zwrocie podatku, lecz jedynie części kwoty zapłaconej za materiały budowlane. Ministerstwo tłumaczyło, że urzędy skarbowe mają pół roku na weryfikację wniosku, a ich decyzja jest ostateczna. W przypadku VAT, czas na zwrot co prawda skrócono do 60 dni, ale urząd ma jeszcze pięć lat na kontrolę podatnika.
Połączone sejmowe komisje: finansów publicznych i infrastruktury odpowiedziały na apel resortu finansów i zaproponowały kompromisowy termin 4 miesięcy. Sejm przystał na tę propozycję.