NIK ocenia pozytywnie - także mimo stwierdzenia nieprawidłowości - nadzór ministra finansów nad pracą urzędów skarbowych w sprawach dotyczących kontroli opłacania VAT przy transakcjach wewnątrzwspólnotowych i skuteczność urzędów skarbowych w egzekwowaniu zaległości w tym podatku.
Opodatkowane VAT - oprócz transakcji w kraju, eksportu i importu - są też wewnątrzwspólnotowe nabycia towarów za wynagrodzeniem i wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów. Podatek jest rozliczany w państwie, do którego nastąpiła dostawa towarów, w wysokości i na zasadach w nim obowiązujących. W przypadku wewnątrzwpólnotowej dostawy towarów stosuje się stawkę VAT 0 proc. - dostawca jest zwolniony z opodatkowania, ponieważ rozliczenie podatku następuje przez nabywcę towarów w innym kraju.
Kontrola tych transakcji pozwala wyłapać oszustwa podatkowe, takie jak "znikający podatnik" - gdy firma kupiła zwolniony z podatku lub opodatkowany stawką 0 proc. towar z innego państwa, a następnie sprzedała go w Polsce z naliczonym VAT, nie odprowadzając podatku. Innym oszustwem jest "karuzela podatkowa" - prowadzenie transakcji wewnątrzwspólnotowych w ramach łańcucha dostaw, co ma na celu nieodprowadzenie VAT od kupionego towaru i odzyskanie od organu podatkowego podatku naliczonego. Często jest to tylko obieg faktur i dokumentów przewozowych, a nie faktyczny obrót towarami.
Kontrola dotyczyła okresu od początku 2008 r. do połowy 2009 r. NIK prowadziła ją od 30 czerwca do 11 grudnia 2009 r. w Ministerstwie Finansów i 17 urzędach skarbowych z 8 województw.
W ocenie NIK urzędy skarbowe nie przeciwdziałały wystarczająco skutecznie oszustwom podatkowym VAT - nie dokładały należytej staranności przy informacjach o ważności numerów identyfikacyjnych podatników dla transakcji wewnątrzwspólnotowych i informacji o wartości tych transakcji dokonanych przez polskich podatników i ich kontrahentów. Według kontrolerów, polska administracja podatkowa nieterminowo odpowiadała na wnioski państw członkowskich o zbadanie określonych transakcji wewnątrzwspólnotowych.
Izba ocenia, że minister finansów nie zapewnił w 2009 r. sprawnego funkcjonowania systemu informatycznego, który wspomaga urzędy skarbowe przy analizowaniu poprawności rozliczeń transakcji wewnątrzwspólnotowych. MF nierzetelnie monitorował też Biuro Wymiany Informacji Podatkowej w Koninie, odpowiedzialne za współpracę administracyjną i wymianę informacji z państwami członkowskimi UE - podała NIK.
Kontrolerzy ocenili, że urzędy skarbowe nierzetelnie analizowały informacje dostępne w elektronicznym systemie "VIES", pozwalającym na wykrywanie nadużyć w VAT. W 6 z 17 kontrolowanych urzędów skarbowych nie były na bieżąco tworzone raporty dotyczące rozbieżności w transakcjach wewnątrzwspólnotowych między deklaracjami VAT i informacjami podsumowującymi VAT UE lub informacjami uzyskanymi z innych krajów UE a danymi z polskiej bazy danych.
W 14 urzędach stwierdzono nieprawidłowości lub uchybienia w rzetelnym wyjaśnianiu rozbieżności wykazanych w raportach z VIES. Uwagi dotyczyły głównie opóźnień w podejmowaniu czynności wyjaśniających lub niepodejmowania takich działań. Zdaniem NIK, w części niewyjaśnionych przez urzędy rozbieżności mogą tkwić potencjalne dochody budżetu państwa.
NIK podkreśla, że skuteczność urzędów skarbowych w egzekwowaniu zaległości w VAT była znacznie wyższa niż w zakresie PIT i podatku akcyzowego. W 2008 r. skuteczność egzekucji w VAT przekroczyła 27 proc., podczas gdy w PIT 18 proc., a akcyzie 1 proc.- podał NIK. Izba zaznacza jednak, że w Ministerstwie Finansów nie zostały zakończone, trwające od kilku lat, prace nad zmianą ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.