Według Trybunału, kompetencje i zasady działania wywiadu skarbowego w dużej mierze są niekonstytucyjne. TK stwierdził, że ustawodawca nadał wywiadowi skarbowemu nadmierną swobodę we wkraczaniu w sferę prywatności jednostki. Niekonstytucyjne są przepisy uprawniające wywiad do uzyskiwania, gromadzenia i przetwarzania informacji o podatnikach. Za niezgodne z konstytucją TK uznał również uprawnienia wywiadu do obserwowania i rejestrowania obrazu zdarzeń w miejscach publicznych. Także kontrola linii telefonicznych i dokonywanych przez podatników połączeń jest –zdaniem TK – nadmierną ingerencją w prawa obywateli, mogącą prowadzić do nadużyć władzy.
Za niekonstytucyjne zostały ponadto uznane przepisy zezwalające na przechowywanie przez dwa miesiące od zakończenia kontroli uzyskanych w jej wyniku danych.
TK uznał natomiast, że nie ma podstaw do zakwestionowania podstawy prawnej utworzenia wojewódzkich kolegiów skarbowych. Zadania przypisane kolegiom nie naruszają kompetencji ministra finansów.
Zgodne z konstytucją – według TK – jest również utworzenie specjalnych urzędów skarbowych dla tzw. dużych podatników. Ich wprowadzenie nie ma bowiem wpływu na stawki, terminy płatności i obciążenia podatkowe. Może mieć ono wyłącznie negatywne skutki praktyczne, ale nie ma konsekwencji prawnych i nie narusza zasady zaufania podatnika do państwa.
Skutkiem orzeczenia przez TK niekonstytucyjności jest eliminacja zakwestionowanych przez TK przepisów z porządku prawnego.