Błędne jest posiadanie różnych programów - jednego nadającego kolejne numery wszystkim dokumentom związanym tylko z działalnością zwolnioną, w tym fakturom, oraz drugiego, numerującego faktury dokumentujące czynności opodatkowane.
Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w wyroku z 22 września 2010 r. (sygn. akt III SA/Wa 514/1), którego fragment przedstawiamy:
"Minister Finansów (...) wskazał, że rozporządzenie wykonawcze wymaga, by każda faktura VAT zawierała numer kolejny czyli większy o 1 w stosunku do poprzedniej faktury. Taki sposób numeracji dotyczy wyłącznie faktur, stąd też inne dokumenty nie mogą być uwzględniane w powyższej numeracji. Numeracja ta odnosi się do wszystkich faktur niezależnie od stawki podatku. Zdaniem Ministra Finansów z braku technicznych możliwości kolejnego numerowania wszystkich faktur w systemie (...) Skarżąca powinna do wszystkich wystawianych przez siebie faktur zastosować system numerowania stosowany obecnie w stosunku do faktur dokumentujących czynności opodatkowane. (...)
Organ wydający interpretację był związany zakresem przedmiotowym wniosku, który w płaszczyźnie faktycznej ograniczony był do wyżej wymienionych okoliczności. Udzielając odpowiedzi Minister Finansów prawidłowo przytoczył treść § 5 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia wykonawczego, który wymaga, by faktura zawierała „numer kolejny”.
Istotnie przepisy nie określają co należy rozumieć pod tym pojęciem. Zasadne jest więc sięgnięcie do języka potocznego, gdzie „kolejny” pojmowany jest jako występujący w porządku następczym, jeden po drugim, następny (tak w Uniwersalnym słowniku języka polskiego pod redakcją S. Dubisza, PWN 2003, tom 2, s. 362).
Chodzi zatem o to, by kolejno następującym po sobie fakturom nadawać numery w porządku chronologicznym. Tym samym prawidłowa jest, prezentowana w interpretacji podatkowej, wykładnia § 5 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia wykonawczego, iż każda kolejna faktura musi mieć numer o jeden większy od poprzedniego.
Inaczej mówiąc sformułowanie „numer kolejny” oznacza numer większy o jeden w stosunku do poprzedniego. Pogląd taki został także wyrażony w piśmiennictwie (por. też A. Bartosiewicz, R. Kubacki, VAT. Komentarz, 4 wydanie, LEX, s. 1108)."
Zdaniem Sądu tylko taki sposób numeracji faktur jest zgodny z § 5 ust. 1 pkt 3 rozporządzenia wykonawczego.