Należy zauważyć, że utrata prawa do ryczałtu wiąże się m.in. z przekroczeniem określonego limitu przychodów. Podatnicy powinni więc zachować czujność i monitorować wysokość osiąganych przychodów, gdyż przekroczenie limitu wywołuje natychmiastowe skutki dla ich sytuacji podatkowej.
W przeciwieństwie do zasad obowiązujących do końca 2007 r., kiedy to utrata statusu ryczałtowca następowała de facto od następnego roku podatkowego po zajściu przesłanek wykluczających możliwość opodatkowania ryczałtem, od 1 stycznia 2008 r. przekroczenie limitu w trakcie roku podatkowego wiąże się z utratą statusu ryczałtowca jeszcze w tym samym roku podatkowym.
Utrata prawa do ryczałtu w trakcie roku podatkowego powoduje, że już od miesiąca następującego po miesiącu, w którym przychody przekroczyły kwotę 150 tys. euro, podatnicy są obowiązani do prowadzenia ksiąg i opłacania podatku dochodowego na ogólnych zasadach. Należy podkreślić, że już od dnia, w którym nastąpiła utrata prawa do ryczałtu, należy zaprowadzić właściwe ewidencje oraz księgi przychodów i rozchodów i opłacać podatek dochodowy na ogólnych zasadach.
Zasady ogólne przewidziane są w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych. Podatnicy mogą rozliczać się według skali podatkowej (stawki 19 proc., 30 proc. i 40 proc.) albo według stawki zryczałtowanej 19 proc. O wybranej formie rozliczenia należy powiadomić właściwego naczelnika urzędu skarbowego. Podatnicy są także obowiązani zawiadomić właściwego naczelnika urzędu skarbowego o prowadzeniu księgi w terminie 20 dni od jej założenia. Oświadczenie to może być złożone w tym samym piśmie, w którym zawiadamia się organ podatkowy o wybranej metodzie opodatkowania.
Skoro utrata prawa do odliczenia następuje w trakcie roku podatkowego, w praktyce oznacza to, że podatnik za część roku podlega opodatkowaniu na zasadach ogólnych, a za część roku w formie ryczałtu. W takiej sytuacji za podstawę do określenia podatku dochodowego przyjmuje się dochód osiągnięty po utracie warunków do opodatkowania w formie ryczałtu. W odniesieniu do części roku sprzed utraty prawa do ryczałtu podatek opłaca się w formie ryczałtu. Skutkuje to koniecznością złożenia dwóch zeznań za dany rok podatkowy: PIT-28 za część roku, w której podatnik rozliczał się ryczałtem oraz PIT-36 za część roku opodatkowaną na zasadach ogólnych.
Nowym obowiązkiem podatnika staje się odpowiednie ewidencjonowanie kosztów oraz dokumentowanie przychodów i kosztów. Oprócz gromadzenia faktur i rachunków dokumentujących poniesione wydatki podatnik musi także właściwie je zaksięgować. Podatnik musi prowadzić także dodatkowe ewidencje, których rodzaje determinowane są sytuacją podatnika i występowaniem określonych danych zdarzeń (np. ewidencja środków trwałych, sprzedaży, wyposażenia, karty pracowników itp.).