Zgodnie z art. 139 Ordynacji podatkowej załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki. Ten nieostry termin został doprecyzowany zapisem, iż co do zasady powinno to być nie dłużej niż miesiąc od dnia wszczęcia postępowania, a jedynie w sprawach szczególnie skomplikowanych 2 miesiące.
Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy nieskomplikowane, czyli takie które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę w chwili składania żądania o wszczęcie postępowania lub też na podstawie faktów powszechnie znanych oraz znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie.
W wypadku postępowania odwoławczego termin na załatwienie spraw został określony na 2 miesiące od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy. W sprawach, w których przeprowadzono rozprawę lub strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy, termin ten został wydłużony do 3 miesięcy.
Należy pamiętać, iż organ pierwszej instancji ma miesiąc na przekazanie odwołania wraz z aktami sprawy oraz ustosunkowanie się do przedstawionych przez stronę zarzutów. Tym samym w wypadku postępowania odwoławczego stosowne terminy załatwienia sprawy ulegają wydłużeniu o ten okres.
Jak nie trudno zauważyć, w najgorszym wypadku postępowanie powinno trwać nie dłużej niż 6 miesięcy, z tym jednak, że do terminów powyższych nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia zawinionych przez stronę lub też wynikłych z przyczyn niezależnych od organu.
Niezależnie od przyczyny niedotrzymania powyższych terminów, organ podatkowy jest obowiązany do zawiadomienia strony o tym fakcie oraz podania przyczyny takiego stanu rzeczy. Równocześnie organ ten musi wyznaczyć nowy termin załatwienia sprawy.
Aby uniknąć sytuacji, w których organ podatkowy wyznaczałby coraz to nowe terminy załatwienia sprawy, oddalając jej finał w bliżej nieokreślona przyszłość, ustawodawca wyposażył strony postępowania w prawo do ponaglenia. Ponaglenie to kierowane powinno być do organu podatkowego wyższego stopnia. W sytuacji gdy sprawa nie została załatwiona w terminie przez dyrektora izby skarbowej lub izby celnej, będzie to minister właściwy do spraw finansów publicznych.
Jeżeli ponaglenie jest uzasadnione, organ o którego zostało skierowane wyznacza dodatkowy termin załatwienia sprawy oraz zarządza wyjaśnienie przyczyn i ustalenie osób winnych zaistniałej sytuacji. Może on także podjąć środki zapobiegające naruszaniu terminów załatwiania spraw w przyszłości. Pracownik organu podatkowego, który z nieuzasadnionych przyczyn nie załatwił sprawy w terminie może zostać pociągnięty do porządkowej lub dyscyplinarnej itp.
Należy jednakże pamiętać, iż terminy o których mowa mają charakter jedynie instrukcyjny, a tym samym ich naruszenie nie powoduje bezskuteczności czynności podejmowanych przez organ podatkowy. Nie stanowi ono również podstawy do stwierdzenia nieważności wydanych przez niego, w konkretnym postępowaniu decyzji.