Pracownik urzędu skarbowego, urzędu gminy (miasta), starostwa, urzędu marszałkowskiego, izby skarbowej, funkcjonariusz celny lub pracownik urzędu celnego, izby celnej, urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych oraz członek samorządowego kolegium odwoławczego podlegają wyłączeniu od udziału w postępowaniu w sprawach dotyczących zobowiązań podatkowych oraz innych spraw normowanych przepisami prawa podatkowego, w których:
1) są stroną;
2) pozostają ze stroną w takim stosunku prawnym, że rozstrzygnięcie sprawy może mieć wpływ na ich prawa lub obowiązki;
3) stroną jest ich małżonek, rodzeństwo, wstępny, zstępny lub powinowaty pierwszego stopnia;
4) stronami są osoby związane z nimi z tytułu przysposobienia, opieki lub kurateli;
5) byli świadkami lub biegłymi, byli lub są przedstawicielami podatnika albo przedstawicielem podatnika jest jedna z osób wymienionych w pkt. 3 i 4;
6) brali udział w wydaniu zaskarżonej decyzji;
7) zaistniały okoliczności, w związku z którymi wszczęto przeciw nim postępowanie służbowe, dyscyplinarne lub karne;
8) stroną jest osoba pozostająca wobec nich w stosunku nadrzędności służbowej.
Należy pamiętać, iż przyczyny wyłączenia od załatwienia sprawy trwają także po ustaniu małżeństwa, przysposobienia, opieki lub kurateli.
Wyłączenie od udziału w postępowaniu oznacza, iż dany pracownik organu podatkowego nie tylko nie może brać udziału w czynnościach związanych bezpośrednio z wydaniem decyzji, ale także wszystkich czynnościach o charakterze przygotowawczym.
Bezpośredni przełożony pracownika lub funkcjonariusza celnego jest obowiązany na jego żądanie lub na żądanie strony albo z urzędu wyłączyć go od udziału w postępowaniu, jeżeli zostanie uprawdopodobnione istnienie którejś z wymienionych wcześniej okoliczności, które mogą wywołać wątpliwości co do bezstronności pracownika lub funkcjonariusza celnego.
Choć Ordynacja podatkowa nie precyzuje formy w jakiej dokonuje się wyłączenia pracownika lub funkcjonariusza. Przyjmuje się jednak powszechnie, iż powinno to następować w formie postanowienia.
Jeżeli nastąpi wyłączenie pracownika lub funkcjonariusza, odpowiednio naczelnik urzędu skarbowego, naczelnik urzędu celnego, wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta albo marszałek województwa, dyrektor izby skarbowej, dyrektor izby celnej lub minister właściwy do spraw finansów publicznych wyznaczają innego pracownika lub funkcjonariusza do prowadzenia sprawy.
W przypadku wyłączenia członka samorządowego kolegium odwoławczego jego prezes wyznacza osobę uprawnioną do zastąpienia osoby wyłączonej. Jeżeli samorządowe kolegium odwoławcze na skutek wyłączenia jego członków nie może załatwić sprawy z braku pełnego składu orzekającego, Prezes Rady Ministrów, w drodze postanowienia, wyznacza do załatwienia sprawy inne samorządowe kolegium odwoławcze.
Naczelnik urzędu skarbowego oraz dyrektor izby skarbowej podlegają wyłączeniu od załatwiania spraw dotyczących zobowiązań podatkowych lub innych spraw normowanych przepisami prawa podatkowego, w przypadku gdy sprawa dotyczy:
1) ich samych lub ich zastępców;
2) małżonka, rodzeństwa, wstępnych, zstępnych albo powinowatych pierwszego stopnia naczelnika urzędu skarbowego lub dyrektora izby skarbowej;
3) osoby związanej stosunkiem przysposobienia, opieki lub kurateli z naczelnikiem urzędu skarbowego lub dyrektorem izby skarbowej.
W przypadku wyłączenia naczelnika urzędu skarbowego lub jego zastępcy, sprawę załatwia naczelnik urzędu skarbowego wyznaczony przez właściwego dyrektora izby skarbowej.
W przypadku wyłączenia dyrektora izby skarbowej lub jego zastępcy, sprawę załatwia naczelnik urzędu skarbowego wyznaczony przez ministra właściwego do spraw finansów publicznych. Naczelnik ten nie może przy tym podlegać dyrektorowi izby skarbowej, której dyrektora lub jego zastępcy dotyczą przesłanki wyłączenia.
Zasady te stosuje się odpowiednio w sprawach wyłączenia naczelnika urzędu celnego, z tym że osobę do załatwienia sprawy wyznacza właściwy dyrektor izby celnej.
W sprawie wyznaczenia innego organu podatkowego wydaje się postanowienie.
Wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta, marszałek województwa, ich zastępcy oraz skarbnik jednostki samorządu terytorialnego podlegają wyłączeniu od załatwiania spraw dotyczących ich zobowiązań podatkowych lub innych spraw normowanych przepisami prawa podatkowego.
W tym przypadku samorządowe kolegium odwoławcze wyznacza, w drodze postanowienia, organ właściwy do załatwienia sprawy.
Wójt, burmistrz (prezydent miasta), starosta, marszałek województwa, ich zastępcy oraz skarbnik jednostki samorządu terytorialnego podlegają wyłączeniu również do spraw dotyczących:
1) ich małżonka, rodzeństwa, wstępnych, zstępnych albo powinowatych pierwszego stopnia;
2) osób związanych z nimi stosunkiem przysposobienia, opieki lub kurateli.