Na tak zadane pytanie twierdząco odpowiedział Naczelny Sąd Administracyjny w precedensowym wyroku z dnia 3 listopada 2009 r. (I FSK 1169/2008).
Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że obowiązek podatnika, co do przechowywania kopii faktur w formie papierowej został ukształtowany na gruncie ustawy z 1993 r., kiedy możliwości techniczne były zupełnie inne i jakże odmienne od tych, jakie pozostają w dyspozycji podatnika w dniu dzisiejszym. Ponadto polski ustawodawca nie zastrzegł formy drukowanej jako jedynej możliwej formy przechowywania kopii faktur wystawionych w formie papierowej.
Zatem, zdaniem NSA, nie ma normatywnych przeciwwskazań do istnienia „mieszanego” systemu wysyłania i przechowywania faktur, który polegać może na umożliwieniu podatnikowi wysyłania faktur w formie papierowej oraz przechowywanie jej kopii w formie elektronicznej. Jednak podatnik musi wykazać się gotowością wydrukowania faktury zapisanej w formie elektronicznej na każde żądanie uprawnionego organu (w tym organu podatkowego).
Zarówno podatnik przechowujący kopie faktur w formie papierowej, jak również ten przechowujący kopie faktur w formie elektronicznej, zobowiązani są w obu przepadkach do takiej samej staranności w zakresie bezpieczeństwa przechowywanych danych, ponoszą również ryzyko i wszelkie konsekwencje związany z ich utratą.
Jak wskazał NSA w uzasadnieniu swego wyroku : „istota przechowywania kopii faktur sprowadza się bowiem do przechowywania nośników informacji”.
Należy więc wskazać, że to do podatnika powinien należeć wybór w zakresie wyboru nośników przechowywania faktur (forma papierowa czy też elektroniczna przechowywania kopii faktur).
Analizując wspomniane zagadnienie Sąd powołał się na przepisy prawa wspólnotowego, m. in. Dyrektywę 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej - Dz. Urz. UE L 2006.347.1 ze zm. - (doprecyzowane przez Trybunał Sprawiedliwości Wspólnot Europejskich) i zwrócił uwagę na wyrażoną w art. 5 ust. 3 Traktatu Założycielskiego zasadę proporcjonalności, według, której państwa członkowskie mogą nakładać na obywateli tylko takie obowiązki (stosować tylko takie środki), które są niezbędne dla osiągnięcia celów zakładanych przez dyrektywy.
Naczelny Sąd Administracyjny przyjął więc, że obowiązek przechowywania faktur w formie papierowej, w sytuacji gdy inne metody przechowywania faktur również zapewniają realizację celów wyrażonych w stosownych dyrektywach, jest „obowiązkiem nadmiernie dolegliwym i narusza wspomnianą zasadę”.
Polecamy: VAT 2010
Nie można również zapominać, na co zwrócono uwagę w uzasadnieniu, o funkcji kontrolnej jaką pełni konieczność przechowywania kopii faktury. Natomiast wydaje się, że wymagania prawa wspólnotowego są zachowane, gdy istnieje uprawnienie i jednocześnie zobowiązanie drukowania kopii faktur przechowywanych na elektronicznych nośnikach informacji, na każde żądanie uprawnionego organu, przy jednoczesnym zachowaniu wymogu oznaczania kopii faktury wyrazem „kopia” – obowiązek zachowania cech kopii faktury.
Zatem w konsekwencji za dopuszczalne należy uznać, uprawnienie podatnika, polegające na wystawianiu faktur i drukowaniu ich oryginałów przeznaczonych dla kontrahentów podatnika, jednakże z jednoczesnym obowiązkiem przechowywania kopii w systemie księgowym, bez możliwości modyfikacji treści jej zapisów, z jednoczesnym zapewnieniem możliwości wydrukowania ich na każde żądanie organów podatkowych w dowolnym wyznaczonym przez nie czasie.