Jak informuje Ministerstwo Finansów według przepisów obowiązujących do końca 2015 r. właściwość organów podatkowych co do zasady określa się ze względu na miejsce wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu. Tylko w przypadku, gdy czynności te wykonywane są na terytorium objętym zakresem działania dwóch lub więcej urzędów skarbowych, właściwym organem jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy ze względu na siedzibę lub miejsce zamieszkania.
W związku ze zmianą art. 3 ustawy o podatku od towarów i usług (wprowadzoną ustawą z dnia 10 września 2015 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw – Dz. U. p oz. 1649), właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Polecamy: Przewodnik po zmianach przepisów 2015/2016 dla firm (książka)
Zmianą od 1 stycznia 2016 r. objęci zostaną tzw. krajowi podatnicy, którzy w stanie prawnym obowiązującym do końca 2015 r. rozliczali podatek VAT w urzędzie skarbowym innym niż urząd skarbowy właściwy ze względu na adres siedziby lub ze względu na miejsce zamieszkania. Zmiana właściwości organu podatkowego następuje z urzędu.
W związku z tą zmianą podatnicy nie mają obowiązku składania aktualizacji zgłoszenia VAT - R.
Od 1 stycznia 2016 r. deklaracje, informacje podsumowujące oraz korekty tych dokumentów za okresy rozliczeniowe upływające przed tą datą, w tym za ostatni okres rozliczeniowy 2015 r., składa się do urzędu skarbowego właściwego po zmianie (art. 18a Ordynacji podatkowej ).
Natomiast postępowania podatkowe, kontrole podatkowe, czynności sprawdzające oraz inne sprawy podatkowe w zakresie podatku od towarów i usług, rozpoczęte i niezakończone do 1 stycznia 2016 r. , podlegają załatwieniu przez naczelników urzędów skarbowych właściwych przed dniem 1 stycznia 2016 r. Również we właściwości tych naczelników pozostają zwroty podatku od towarów i usług niedokonane przed dniem 1 stycznia 2016 r. a wynikające z dekla racji złożonych przed tym dniem (art. 27 ustawy z dnia 10 września 2015 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw ).
W przypadku kaucji gwarancyjnych złożonych i przyjętych przed 1 lipca 2015 r. w formie gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej albo upoważnienia dla organu skarbowego (o których mowa w art. 105b ust. 3 pkt 2 i 3 ustawy o VAT), podatnicy mają obowiązek dostosowania kaucji gwarancyjnych złożonych w tych formach do wymogów określonych w art. 105b ust. 3b - 3f ustawy o VAT ( jeżeli w okresie 1 lipca 2015 r. – 1 stycznia 2016 r. nie dokonali już takiego dostosowania). Podmioty te (którym zmienia się właściwość z dniem 1 stycznia 2016 r. ) mają czas na dostosowanie się do nowych wymogów do 1 kwietnia 2016 r., pod rygorem usunięcia następnego dnia roboczego z wykazu (art. 9 ust. 1 pkt 2 i ust. 2 ustawy z dnia 9 kwietnia 2015 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz ustawy – Prawo zamówień publicznych – Dz. U . poz. 605).
500 pytań o VAT odpowiedzi na trudne pytania z interpretacjami Ministerstwa Finansów (PDF)