Traktat Lizboński ma usprawnić funkcjonowanie rozszerzonej UE dzięki uproszczonemu procesowi podejmowania decyzji i odejściu od prawa weta w ok. 40 dziedzinach. Najbardziej ambitne zmiany dotyczą polityki zagranicznej, gdyż traktat ustanawia stałego przewodniczącego Rady Europejskiej oraz powołuje unijną służbę dyplomatyczną.
Na pierwszego "prezydenta" UE wybrano Belga Hermana Van Rompuya. Jego kadencja ma trwać 2,5 roku z możliwością odnowienia. Drugie stanowisko, które przynosi Traktat z Lizbony, to wysoki przedstawiciel UE ds. polityki zagranicznej. Przywódcy zdecydowali, że funkcję te sprawować będzie brytyjska baronessa Catherine Ashton. Traktat zakłada ponadto, że będzie ona wiceprzewodniczącą Komisji Europejskiej, odpowiedzialną za kilkutysięczną unijną służbę dyplomatyczną (tzw. Europejska Służba Działań Zagranicznych).
Traktat przewiduje też, że do 2014 roku wszystkie państwa członkowskie zachowają prawo do delegowania do Brukseli po jednym komisarzu. Później liczba komisarzy może zostać zredukowana do dwóch trzecich liczby państw, chyba że Rada Europejska (przywódcy) jednogłośnie postanowi inaczej. Wystarczy decyzja na szczycie UE, bez renegocjacji traktatu, by utrzymać zasadę jeden kraj - jeden komisarz, co już obiecano Irlandii.
Liczba deputowanych Parlamentu Europejskiego wyniesie w nowym traktacie 751, w tym przewodniczący PE. Traktat precyzuje, że liczące najwięcej mieszkańców państwo Unii (obecnie Niemcy) będzie miało 96 eurodeputowanych (teraz 99), a mające najmniej mieszkańców (Malta i Luksemburg) po sześciu. Przywódcy, w osobnej decyzji, zatwierdzili na szczycie w Lizbonie w październiku ub.r. podział miejsc dla pozostałych państw UE, w tym dla Polski - 51 eurodeputowanych.