NIK prowadziła od 26 czerwca do 4 grudnia 2009 r. kontrolę z własnej inicjatywy w Ministerstwie Finansów i 19 urzędach skarbowych. Badaniami objęto 2007 i 2008 r. oraz I półrocze 2009 r.
Izba stwierdziła, że w tym czasie dochody z podatku PIT były wyższe od kwot prognozowanych w ustawach budżetowych. Spadek dochodów zrealizowanych w 2009 r. był następstwem spowolnienia gospodarczego i zmian skali podatkowej.
Według NIK, skontrolowane urzędy skarbowe wywiązały się z obowiązku rozliczenia podatników, którzy złożyli zeznania podatkowe. Jednak "wzrost stanu zaległości, obniżenie skuteczności ich egzekwowania, niewystarczająca kontrola wywiązywania się podatników z zobowiązań oraz rosnące kwoty zaległości przedawnionych spowodowały, że zrealizowane dochody były niższe od możliwych do uzyskania" - czytamy w raporcie.
Wskaźnik skuteczności egzekwowania zaległości podatkowych spadł z 21,8 proc. w 2007 r. do 18,3 proc. w 2008 r. W 2008 r. odzyskano 388,2 mln zł zaległych podatków, czyli o 9,5 proc. mniej niż w 2007 r.
Organy podatkowe odzyskały mniej pieniędzy m.in. z powodu braku majątku u dłużników, który mógłby podlegać egzekucji. Powodem były też zaniedbania urzędów skarbowych, takie jak np. opóźnienia w wysyłaniu upomnień czy podejmowanie czynności egzekucyjnych ze znacznym opóźnieniem.
NIK zauważa, że zaległości podatkowe w badanych latach rosły szybciej niż wpływy. Na koniec czerwca 2009 r. wyniosły prawie 4 mld zł i były wyższe od zaległości w połowie 2008 r. o 17,5 proc. To m.in. wpływ nieuregulowanych zaliczek przez osoby prowadzące działalność gospodarczą. Wzrosły także zaległości, od których wymagalności upłynęło ponad 5 lat (o ponad 41 proc.) z ponad 1 mld zł w 2007 r. do 1,4 mld zł na koniec czerwca 2009 r.
W latach 2007-2008 i w pierwszym półroczu 2009 r. urzędy skarbowe odpisały z ewidencji przedawnione zaległości w PIT na kwotę ponad 334 mln zł. Według NIK, "rosnące kwoty zaległości przedawnionych dowodzą niewystarczającej sprawności działania organów podatkowych i egzekucyjnych".
Kontrola wykazała, że nierzetelnie prowadzono postępowania w tym zakresie w ośmiu kontrolowanych urzędach. W wyniku błędów przedawniła się kwota należnych podatków w wysokości 2,3 mld zł.
W 7 z 19 urzędów skarbowych niedostatecznie kontrolowało i egzekwowało składania zeznań przez podatników. Z powodu dużego obciążenia bieżącą pracą, Urzędy dokonywały w pierwszej kolejności rozliczeń złożonych zeznań podatkowych, odkładając działania dyscyplinujące wobec podatników, którzy takich zeznań nie dostarczyli. Rozliczanie tych podatników utrudniał brak odpowiedniego systemu informatycznego, któryby wskazywałby osoby, które nie złożyły zeznań podatkowych, chociaż miały taki obowiązek.
W ocenie NIK, niezbędna jest stabilizacja przepisów podatkowych. Od 1991 r. ponad 100 razy zmieniły się regulacje w ustawie o PIT. W ślad za zmianami ustawowymi zmieniły się także przepisy wykonawcze, formularze podatkowe, wykładnie, interpretacje i orzeczenia sądowe.
NIK uważa, że by poprawić sprawność poboru podatku dochodowego od osób fizycznych Minister Finansów powinien m.in. poprawić system informatyczny w urzędach skarbowych, zwiększyć skuteczność egzekucji podatku PIT, w większym stopniu wymagać od urzędów skarbowych rozliczania podatników, którzy nie wypełniają obowiązku złożenia zeznań podatkowych.