W kwestii tej wypowiedziało się Ministerstwo Gospodarki i Pracy (w piśmie nr DZF-III-9365-69-AK/05/1702), zmieniając wcześniejsze stanowisko w tej sprawie. W piśmie powołano się na dokument „Wnioski ekspertyzy nt. audytu zewnętrznego w ramach Sektorowego Programu Operacyjnego Rozwój Zasobów Ludzkich” (SPO RZL), przekazany do wiadomości instytucji wdrażających ten program oraz dotychczasowe poradniki przygotowane przez Instytucję Zarządzającą.
Stwierdzono, że instytucja zarządzająca po przeprowadzeniu konsultacji z audytorami w Ministerstwie Gospodarki i Pracy podjęła decyzję o wprowadzeniu zmian do wytycznych w kwestii wyboru audytora. Podkreślono, że beneficjent powinien zapewnić odpowiednią jakość audytu poprzez zlecenie takiej usługi jednostkom zatrudniającym osoby o odpowiednich umiejętnościach w zakresie przeprowadzania audytu i wiedzy z zakresu funkcjonowania funduszy strukturalnych.
Przez podmioty (osoby) posiadające odpowiednie umiejętności w tym zakresie należy rozumieć podmioty uprawnione do badania sprawozdań finansowych w rozumieniu art. 10 ust. 1 ustawy o biegłych rewidentach i ich samorządzie, osoby posiadające międzynarodowe uprawnienia audytora wewnętrznego oraz osoby posiadające zaświadczenie o zdaniu egzaminu na audytora wewnętrznego, wystawione przez Ministerstwo Finansów.
Odpowiednie zapisy mają być wprowadzone do zaktualizowanej wersji Poradnika dla beneficjentów oraz Wytycznych dla instytucji uczestniczących w realizacji SPO RZL. – To jest zupełnie inny rodzaj badania niż badanie sprawozdań finansowych i audytorzy wewnętrzni mają lepsze kwalifikacje niż biegli rewidenci – podkreślił Rafał Krzemień, członek zarządu Stowarzyszenia Audytorów Wewnętrznych (IIA).