Organy podatkowe zakwestionowały wydatki poniesione przez spółkę jako koszty uzyskania przychodu. W uzasadnieniu wskazały, iż na podstawie ustawy o VAT spółce A nie przysługiwało prawo odliczenia podatku naliczonego związanego z wydatkami na podróże służbowe oraz zakup paliwa przez osoby prowadzące osobną działalność gospodarczą.
Z akt wynikało, iż firmy prowadzone przez nie zawarły ze spółką A umowy, w ramach których zobowiązały się do świadczenia usług o charakterze agencyjno-przedstawicielskim oraz do dokonywania innych czynności prawnych i faktycznych związanych z prawidłowym jej funkcjonowaniem. Strony określiły, że usługi będą świadczone za wynagrodzeniem, a wszelkie poniesione koszty będą refakturowane na spółkę A. W jej dokumentach jednak brak było faktur dotyczących refakturowania poniesionych kosztów związanych z podróżami służbowymi oraz zakupem
paliwa.
W związku z powyższym organ I instancji stwierdził, iż wydatki stanowią koszty uzyskania przychodu nie spółki A, lecz firm poszczególnych osób, ponieważ związane były z prowadzoną przez nie działalnością gospodarczą i wykonywaniem obowiązków wynikających z umów. Wobec powyższego decyzją w zakresie podatku dochodowego wyłączono opisane wydatki z kosztów uzyskania przychodu spółki A. W konsekwencji, spółce nie przysługiwało prawo odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupem wyżej wymienionych usług.
Pełnomocnik spółki zarówno w odwołaniu, jak i skardze wskazywał naruszenie przepisów poprzez przyjęcie, że podatnikowi nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupem paliwa do stanowiącego własność podatnika samochodu – mimo że eksploatacja samochodu związana była z funkcjonowaniem spółki, zaś prawo posługiwania się samochodem przez wspomniane osoby wynikało z treści umów. Wbrew twierdzeniu organów podatkowych samochód nie służył do celów prywatnych ani nie został oddany do nieodpłatnego użytkowania. Sporadyczne korzystanie przez członka zarządu i prokurenta do wyjazdów miało swoje uzasadnienie w zawartych umowach łączących te osoby ze spółką. Mieli oni prawo do korzystania z materiałów i środków koniecznych do świadczenia usług będących przedmiotem umowy, do takich środków należał samochód.
Rozstrzygając sprawę, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku podkreślił, iż władze spółki wybrały model zarządzania nią przez jednoosobowe podmioty gospodarcze. Z umów zaś wynika, że usługi rozliczali fakturami. W konsekwencji wydatki poniesione przez te podmioty stanowią ich koszty uzyskania przychodu, a nie skarżącej spółki. W efekcie skarga została oddalona.