Problemem w stosowaniu e-faktur jest zakup i wdrożenie technologii zapewniającej autentyczność pochodzenia przesyłanego dokumentu i integralność jego treści. Przepisy przewidują dwie możliwości - zastosowanie kwalifikowanego bezpiecznego podpisu elektronicznego lub korzystanie z odpowiedniego systemu wymiany danych elektronicznych (tzw. systemu EDI).
4 sierpnia wejdzie w życie rozporządzenie ministra finansów z 14 lipca br. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur (Dz.U. nr 133, poz. 1119). Duże i średnie przedsiębiorstwa od dawna oczekują na te przepisy. W ich przypadku koszt uzyskania certyfikatu – na poziomie kilkuset złotych – nie powinien być przeszkodą. Tym bardziej, że wyeliminowanie zbędnej korespondencji może przynieść znaczne oszczędności. W początkowym okresie mniejsze firmy najprawdopodobniej rzadziej będą korzystać z możliwości wystawiania e-faktur. Należy jednak podkreślić, że do odbierania faktur opatrzonych podpisem elektronicznym nie jest konieczne ponoszenie kosztów – oprogramowanie do weryfikacji otrzymywanych dokumentów dostarczane jest bowiem bezpłatnie.
Pewnym ograniczeniem w powszechnym stosowaniu e-faktur jest koszt uzyskania tzw. certyfikatu kwalifikowanego. Jest on konieczny do oznaczania faktur kwalifikowanym podpisem elektronicznym. Nie można bowiem podpisywać e-faktur za pomocą zwykłego podpisu elektronicznego. Konieczne jest uzyskanie tzw. certyfikatu kwalifikowanego i posługiwanie się kwalifikowanym podpisem elektronicznym.
Jako rozwiązanie alternatywne rozporządzenie przewiduje możliwość wystawiania e-faktur przy użyciu tzw. systemu EDI (elektronicznej wymiany danych). System taki musi być zgodny z umową w sprawie europejskiego modelu EDI, która została opisana w art. 1 zalecenia Komisji Europejskiej z dnia 19 października 1994 r. nr 1994/820/WE odnoszącego się do aspektów prawnych elektronicznej wymiany danych (Dz.Urz. UE L 338). Jak podkreślają eksperci, EDI jest techniką pozostawiającą użytkownikom spory margines swobody konfigurowania systemów obsługujących wymianę dokumentów. Najprawdopodobniej ten sposób będzie częściej wykorzystywany w praktyce w przypadku transakcji wewnątrzwspólnotowych.
Faktury przesłane drogą elektroniczną powinny być przechowywane w formie elektronicznej w formacie, w którym zostały przesłane. Sposób przechowywania musi gwarantować autentyczność ich pochodzenia oraz integralność ich treści. Dotyczy to zarówno wystawcy faktur, jak i ich odbiorcy. Co do zasady e-faktury powinny być przechowywane na terytorium Polski. Możliwe jest jednak przechowywanie e-faktur w innym kraju UE, pod warunkiem zawiadomienia o miejscu ich przechowywania właściwego naczelnika urzędu skarbowego (i naczelnika urzędu celnego, jeśli firma jest podatnikiem podatku akcyzowego).