Kwota podatku naliczonego, która nie może zostać wypłacona w formie zaliczki, podlega rozliczeniu na zasadach ogólnych.
Artykuł 93 ust. 5 przewiduje delegację dla ministra finansów do określenia w drodze rozporządzenia szczegółowego sposobu dokumentowania i trybu wypłaty zaliczki oraz przypadków zwrotu zaliczki wraz z oprocentowaniem, uwzględniając specyfikę wykonywania niektórych czynności oraz potrzebę ochrony interesu budżetu państwa przed nadużyciami. W wykonaniu tej delegacji minister finansów uregulował wymienione kwestie w Rozdziale 3 rozporządzenia z 25 maja 2005 r.
Zgodnie z tym rozporządzeniem, podmiot występujący o zwrot kwoty podatku naliczonego w formie zaliczki obowiązany jest posiadać:
oryginały faktur (faktur korygujących) oraz w przypadku importu towarów dokumenty celne – potwierdzające, że łączna wartość nabytych towarów bez podatku naliczonego jest nie mniejsza niż określona w art. 93 ust. 2 pkt 2 ustawy;
dokumenty potwierdzające uregulowanie należności za nabyte towary i usługi objęte zwrotem kwoty podatku naliczonego w formie zaliczki, a w przypadku importu towarów potwierdzające zapłatę podatku należnego od tego importu, w tym dokumenty bankowe potwierdzające dokonanie przelewu lub innego rodzaju płatności, oświadczenia sprzedawcy o przyjęciu zapłaty gotówką zgodnie z odrębnymi przepisami lub uregulowaniu należności w innej formie, jeżeli zapłata lub uregulowanie należności nie nastąpiło za pośrednictwem banku.
Wniosek łącznie z wymaganym przez ustawę o VAT oświadczeniem należy złożyć wraz z deklaracją podatkową, nie wcześniej niż za okres rozliczeniowy, w którym spełnione zostały wszystkie warunki, o których mowa w art. 93 ust. 2 pkt 1-3 ustawy, uprawniające do zwrotu kwoty podatku naliczonego w formie zaliczki. Zaliczka wypłacana jest na rachunek bankowy wskazany przez podatnika w zgłoszeniu identyfikacyjnym (aktualizacyjnym) NIP-1 lub NIP-2.