W przypadku sprzedaży pojazdów drogowych oba kraje włączają kwotę samochodowych podatków rejestracyjnych (zwanych "opłatą rejestracyjną") do podstawy podatku VAT. Tymczasem zdaniem KE podatki rejestracyjne nie powinny być włączane do podstawy podatku VAT.
KE powołuje się na wyrok Trybunału Sprawiedliwości, który w 2005 roku wypowiadał się w podobnej sprawie, gdzie chodziło o podatek rejestracyjny pobierany w Danii. Trybunał rozpatrywał, czy w przypadku sprzedaży środków transportu podstawa opodatkowania podatkiem VAT powinna zawierać podatek rejestracyjny, który zazwyczaj jest płacony organom skarbowym przez sprzedającego, a następnie jest mu zwracany przez kupującego, wraz z zapłatą ceny pojazdu.
Trybunał orzekł, że w przypadku umowy sprzedaży, w ramach której sprzedający dostarcza pojazd zarejestrowany, którego cena zawiera podatek rejestracyjny opłacony przed dostarczeniem pojazdu, kwota tego podatku nie może być wliczana do podstawy podatku VAT pobieranego z tytułu sprzedaży pojazdu. Po pierwsze dlatego, że podatek rejestracyjny płaci się z tytułu rejestracji pojazdu a nie z powodu jego sprzedaży, po drugie dlatego, że sprzedający płaci go w imieniu kupującego.
Komisja jest zdania, że podatki rejestracyjne pobierane w Polsce i Portugalii, pominąwszy pewne nieistotne i drugorzędne różnice, są zasadniczo takie same, jak podatek duński rozpatrywany przez Trybunał.
W komunikacie prasowym KE przypomina, że przepisy dotyczące podstawy opodatkowania podatkiem VAT zostały ujednolicone na poziomie Unii Europejskiej, a jednakowe ich stosowanie stanowi zasadniczy warunek prawidłowego działania systemu VAT.
Wezwanie Polski do zmiany przepisów stanowi drugi etap postępowania w sprawie naruszenia przepisów, zgodnie z art. 226 Traktatu WE. Zarówno Warszawa jak i Lizbona mają dwa miesiące na na dostosowanie ich przepisów do prawodawstwa wspólnotowego. Jeżeli tego nie uczynią, KE może zdecydować o skierowaniu sprawy do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.