Spór rozpatrywany przez wojewódzki sąd administracyjny dotyczył zastosowania przepisów ustawy o CIT w 2004 roku oraz konwencji w sprawie unikania podwójnego opodatkowania między Polską a Luksemburgiem. W maju 2004 r. polska firma pożyczyła pieniądze od firmy zagranicznej. Problem sprowadzał się do tego, czy polskie przepisy dyskryminowały podmioty zagraniczne, od których polskie firmy pożyczały pieniądze. Sąd stwierdził, że nie da się uzgodnić przepisów umowy, która nakazywała równe traktowanie podatników obu krajów w zakresie opodatkowania podatkami dochodowymi, z przepisami ustawy o CIT. W 2004 roku funkcjonował przepis art. 16 ust. 1 pkt 60 tej ustawy o tzw. niedostatecznej kapitalizacji. Powstała sytuacja, kiedy odsetki od pożyczki od polskiej spółki można było zaliczyć do kosztów w pełnej wysokości, a odsetek od pożyczki od spółki zagranicznej już nie. Firma skarżąca twierdziła więc, że była to dyskryminacja, i domagała się zaliczenia odsetek do kosztów. We wniosku o interpretację do ministra finansów nie powołała się jednak na przepis art. 9 ustawy zmieniającej ustawę o CIT, zgodnie z którym do pożyczek zawartych przed 1 stycznia 2005 r. miały zastosowanie przepisy ustawy obowiązującej. Zdaniem sądu, nie miało to jednak znaczenia, ponieważ spółka podała, że pożyczka została jej udzielona w maju 2004 r., a zatem należało stosować przepisy z 2004 roku, a nie - jak uczynił minister finansów - z 2005 roku. Sąd uznał, że umowa międzynarodowa jest powszechnie obowiązującym prawem i podzielił stanowisko skarżącej dotyczącej stosowania przepisów konwencji między Polską a Luksemburgiem. Wyrok oznacza więc, że należało równo traktować podmioty zagraniczne i polskie, zgodnie z art. 25 ust. 3 konwencji. Zdaniem sądu, uzasadnienie ministra finansów było niepełne, dlatego uchylił te decyzje.
Sygn. akt III SA/Wa 3929/06