Regulacje dotyczące właściwych dla podatników organów podatkowych zawarte są w art. 3 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.). W praktyce niekiedy pojawiają się problemy z ustaleniem, który urząd skarbowy jest właściwy, w sytuacji gdy czynności podlegające opodatkowaniu wykonywane są przez daną firmę w kilku miejscach. Jeżeli czynności takie wykonywane są na terenie działania większej liczby urzędów skarbowych, organem podatkowym właściwym dla podatnika jest naczelnik urzędu skarbowego właściwego ze względu na miejsce siedziby (w przypadku osób prawnych) lub miejsce zamieszkania podatnika (w przypadku osób fizycznych).
W przepisach mowa jest też o podatnikach określonych w art. 16 oraz w art. 17 ustawy, niebędących podatnikami w rozumieniu art. 15. Regulacje te dotyczą np. podatników dokonujących wewnątrzwspólnotowej dostawy nowych środków transportu, jednakże w okolicznościach, które nie wskazują na wykonywanie tych czynności w sposób częstotliwy, lub też wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Dla tych podatników organem podatkowym właściwym jest naczelnik urzędu skarbowego właściwego dla podatnika ze względu na miejsce jego siedziby, a w przypadku gdy podatnikiem taki jest osoba fizyczna – naczelnik urzędu skarbowego właściwego ze względu na miejsce zamieszkania.
W przypadku podatników nieposiadających stałego miejsca zamieszkania lub siedziby na terytorium kraju – właściwym organem podatkowym jest naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa Śródmieście.
Jeżeli natomiast nie można ustalić właściwości miejscowej we wspomniany sposób (określony w art. 3 ust. 1-3 ustawy o VAT), wtedy właściwym organem podatkowym jest naczelnik Drugiego Urzędu Skarbowego Warszawa Śródmieście.