Odrębne, a w zasadzie szczególne, regulacje w zakresie badania sprawozdań wprowadziło rozporządzenie ministra finansów z 23 grudnia 2004 r. w sprawie obowiązku badania sprawozdań finansowych organizacji pożytku publicznego (Dz.U. nr 285, poz. 2852). Obowiązek badania sprawozdań finansowych wystąpi po spełnieniu określonych kryteriów przez te organizacje.
Rozporządzenie stanowi, że te organizacje pożytku publicznego, których sprawozdania finansowe nie kwalifikują się do badania zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości, będą musiały poddać je jednak badaniu przy spełnieniu określonych warunków. Warunki te to: realizowanie zadań publicznych zleconych oraz otrzymanie w roku obrotowym łącznej kwoty dotacji na realizację tych zadań w wysokości co najmniej 50 000 zł. Trzecim kryterium będzie osiągnięcie przez te organizacje przychodów w wysokości co najmniej 3 000 000 zł.
Obowiązek badania dotyczy rocznych sprawozdań finansowych organizacji pożytku publicznego sporządzanych za rok obrotowy następujący po roku, w którym organizacje te spełniły łącznie te warunki. Badanie odbywa się z zastosowaniem przepisów o rachunkowości.
Rozporządzenie ma zastosowanie po raz pierwszy do sprawozdań finansowych sporządzonych za rok obrotowy rozpoczynający się w 2005 r. Zatem, jeśli organizacje te spełniły w 2004 r. wskazane w rozporządzeniu kryteria, będą musiały poddać badaniu sprawozdania za rok obrotowy rozpoczynający się w 2005 r.