Tak uznał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy w wyroku z 21 września 2010 r. (sygn. I SA/Bd 496/10).
Zgodnie z art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:
a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.
Opodatkowane stypendium
Student studiów doktoranckich został zakwalifikowany w poczet stypendystów projektu realizowanego przez urząd marszałkowski w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego, Priorytet 2 Wzmocnienie rozwoju zasobów ludzkich w regionach, Działanie 2.6 regionalne strategie innowacyjne i transfer wiedzy.
Program ten jest finansowany ze środków Unii Europejskiej Europejskiego Funduszu Społecznego w 75%, zaś w 25% z budżetu państwa. Celem projektu jest wspomaganie grupy najlepszych absolwentów szkół wyższych kontynuujących naukę na studiach doktoranckich, których praca naukowa i komercjalizacja wyników przyczynią się do podniesienia poziomu innowacyjności województwa kujawsko-pomorskiego.
Stypendium wypłacono jednorazowo w czerwcu 2009 r. i pomniejszono o zaliczkę na podatek dochodowy.
Polecamy: Kontrola podatkowa
Student zwrócił się do Ministra Finansów z wnioskiem o interpretację podatkową i argumentował, że należy się mu zwrot 75% zapłaconego podatku dochodowego, bowiem stypendium w 75% finansowane jest ze środków Unii Europejskiej i powinno korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na mocy art. 21 ust.1 pkt 46 ustawy o PIT.
Student wskazał wyrok NSA z 16 września 2008 r. (syg akt II FSK 874/07), z którego wynika, iż w świetle przepisów ustawy o PIT istotne jest źródło pochodzenia dochodu, zaś bez znaczenia czy środki wypłacane są bezpośrednio, czy pośrednio poprzez podmioty krajowe, także przy wykorzystaniu mechanizmu prefinansowania.
Obowiązek zapłaty podatku dochodowego od wypłaconego z projektu stypendium tworzyłby sytuację, w której budżet państwa osiągałby korzyść (dochód) ze środków unijnych, a ich celem jest zawsze wsparcie konkretnych projektów.
Minister Finansów nie zmienia zdania
Jednak zdaniem Ministra Finansów podatnik nie miał racji, bowiem stypendium nie było wypłacone ze środków unijnych. W przypadku tego projektu (i wielu również innych) UE refinansuje (zwraca) już wcześniej wydane środki. Stypendia były sfinansowane ze środków pożyczonych z budżetu państwa, a dopiero po przedstawieniu stosownych dokumentów wydatki te są zwracane ze środków pomocowych UE.
Minister Finansów w zaskarżonej interpretacji zaznaczył, że otrzymane stypendium nie pochodzi wprost z bezzwrotnej pomocy finansowanej bezpośrednio z Unii Europejskiej, a zatem nie może korzystać ze zwolnienia określonego w art. 21 ust.1 pkt 46 ustawy o PIT.
Polecamy: Podatek od spadków i darowizn
Sąd uchyla interpretację
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy, do którego odwołał się student zakwestionował jednak interpretację Ministra Finansów.
Zdaniem WSA dla zwolnienia danych wynagrodzeń, czy stypendiów z PIT na mocy art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT wystarczy wykazać, że są one finansowane z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej.
Decydujące znaczenie dla oceny źródła pochodzenia tych środków ma ustalenie podmiotu, który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar bezzwrotnej pomocy (podobnie uznał NSA w wyroku z 16 września 2008r., sygn. akt II FSK 874/07; z dnia 30 października 2008r. sygn. akt II FSK 1069/07; z dnia 28 stycznia 2009r., sygn. akt II FSK 1573/07; z dnia 14 stycznia 2009 r., sygn. akt II FSK 1457/07; z dnia 16 kwietnia 2009r.; sygn. akt II FSK 59/08).
Dlatego też sposób wypłaty środków finansowych pochodzących z bezzwrotnej pomocy Unii Europejskiej jest kwestią techniczną, która nie ma znaczenia w przypadku instytucji zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy pdof. W tym przypadku kluczowe znaczenie ma bowiem ustalenie źródła środków składających się na bezzwrotną pomoc, czyli podmiotu który ostatecznie ponosi ekonomiczny ciężar bezzwrotnej pomocy.