Przy sprzedaży udziałów i akcji na raty organy podatkowe żądają zapłacenia podatku dochodowego za rok podpisania umowy i zmiany właściciela. Wywodzą to z zasady, że w przypadku zbycia udziałów lub akcji opodatkowany jest przychód należny.
Z reguły w przypadku dochodów osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej opodatkowany jest przychód otrzymany lub postawiony do dyspozycji (tak np. dochody pracowników).
Tak więc zasady opodatkowania zbycia udziałów i akcji przez osoby fizyczne nie prowadzące działalności gospodarczej są pewnym wyjątkiem. Konsekwencją stanowiska fiskusa jest konieczność opodatkowania całości przychodów ze zbycia udziałów w PIT-38 za 2009 r.
Można jednak znaleźć wyroki sądów zawierające odmienny pogląd od prezentowanego przez organy podatkowe. 22 listopada 2006 r. WSA w Warszawie (sygn. akt III SA/Wa 2618/06) stwierdził, że „(...) jeżeli płatność ceny za udziały została rozłożona na dwie raty - jedna płatna w 2004 r., a druga w 2005 r. - to przychód należny za 2004 r. nie obejmuje drugiej raty. W efekcie, przychód wynikający z drugiej raty powinien być wykazany w 2005 r.”
Powołanie się na ten wyrok oznacza prawdopodobnie wejście w spór z organami podatkowymi.
Organy podatkowe nie zgadzają się z interpretacją przepisów korzystną dla podatników. Przykładem jest interpretacja indywidualna z 30 października 2008 r. Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie (nr IPPB2/415-1130/08-2/MG). Interpretacja dotyczy zbycia 1 udziału w spółce z o.o. Pierwsza rata została zapłacona w dniu podpisania umowy zbycia udziału (28 maja 2008 r.).
Druga rata wraz z oprocentowaniem w wysokości 5,8% rocznie (od dnia podpisania umowy zbycia udziału do dnia zapłaty) powinna zostać zapłacona w dniu 14 stycznia 2009 r. Trzecia rata wraz z oprocentowaniem w wysokości 5,8% rocznie (od dnia podpisania umowy zbycia udziału do dnia zapłaty) stanie się należna i winna zostać zapłacona w dniu 14 stycznia 2010 r. Pomimo rozbicia rozliczenia całej transakcji na 3 lata, zdaniem Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie podatnik powinien rozliczyć podatek od całości ceny wskazanej w umowie w PIT-38 za 2008 r.
Odmiennie zostały zakwalifikowane przychody z odsetek. W przypadku otrzymania przez zbywcę udziałów w latach 2009 i 2010 oprocentowania, przychód ten należy zakwalifikować do przychodu z innych źródeł, o których mowa w art. 20 ust. 1 ustawy o PIT. Uzyskany z tego tytułu przychód zbywca powinien ująć w zeznaniu rocznym PIT-36 sporządzanym za rok podatkowy, w którym otrzyma oprocentowanie, a nie w PIT-38.