Ministerstwo Finansów uważa, że wynagrodzenia wypłacane z funduszy europejskich powinny być opodatkowane, ponieważ nie są to środki pomocowe (jak np. PHARE).
Do urzędów skarbowych trafiły wytyczne MF, z których wynika, że wynagrodzenia uzyskiwane z funduszy unijnych (np. Europejskiego Funduszu Społecznego) podlegają opodatkowaniu.
Urzędy skarbowe samodzielnie i niezależnie interpretują przepisy dotyczące opodatkowania wynagrodzeń płaconych z funduszy unijnych. Powodowało to, że w jednym regionie kraju osoby pobierające wypłaty z racji pracy przy realizacji programów płaciły podatek od tych wynagrodzeń, a w innym miejscu – nie płaciły. Teoretycznie wytyczna MF dla urzędów skarbowych nie jest decyzją administracyjną, jednak w praktyce można się spodziewać, że te urzędy, które do tej pory nie pobierały podatku od tych wynagrodzeń, teraz zmienią swoje decyzje.
Sprawa może dotyczyć także pracowników organizacji pozarządowych, którzy pobierają wynagrodzenie za pracę przy projektach unijnych. Problemy mogą mieć organizacje, które nie wystąpiły do swojego urzędu skarbowego z prośbą o interpretację kontrowersyjnych przepisów, a mimo to zdecydowały się nie odprowadzać podatku od wynagrodzeń płaconych z funduszy UE.
Jeśli organizacja uzyskała od urzędu skarbowego taką interpretację i wynika z niej, że nie musi płacić tego podatku – może spać spokojnie. To znaczy – nie spotkają jej kary za ewentualne niezapłacone podatki. Można się jednak spodziewać, że dotychczasowa, korzystna dla nich, interpretacja przepisów zostanie zmieniona i trzeba będzie zacząć płacić podatek.
Magda Dobranowska-Wittels