Sprawa, zanim dotarła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, przebrnęła przez wszystkie instancje. Naczelnik urzędu skarbowego i dyrektor izby skarbowej zajmowali się nią dwukrotnie, zanim trafiła do wojewódzkiego sądu administracyjnego i - na koniec - do NSA.
Chodziło o podatnika zalegającego początkowo z podatkiem na 7 tys. 325 zł. Podatnik wpłacił tę kwotę, a naczelnik urzędu skarbowego zaliczył 7 tys. 239,20 zł na poczet zaległości podatkowej (należność główna), a 85,80 zł - na poczet odsetek za zwłokę od tej zaległości. Do takiego postępowania zobowiązuje organy podatkowe art. 55 par. 2 Ordynacji podatkowej. Przepis ten stanowi, że jeżeli wpłata nie pokrywa całej zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę, to zalicza się ją proporcjonalnie na poczet zaległości i odsetek w takim stosunku, w jakim - w dniu wpłaty - pozostaje kwota zaległości podatkowej do kwoty odsetek za zwłokę.
Gdy 85 zł zostało zaliczone na poczet odsetek za zwłokę, podatnik uzupełnił powstałą z tego tytułu niedopłatę zaległości głównej i dopłacił brakujące 85 zł. Naczelnik urzędu skarbowego zaliczył tę kwotę na poczet zaległości podatkowej.
Postanowienie naczelnika w tej sprawie uchylił dyrektor izby skarbowej. Na skutek tego naczelnik rozpatrzył sprawę ponownie i tym razem - zgodnie ze wskazówkami dyrektora izby - dopłaconą przez podatnika kwotę 85 zł zaliczył częściowo na należność główną, a częściowo na odsetki od tej zaległości. Na poczet zaległości zaliczył 74,25 zł, a na poczet odsetek 1,95 zł. Pozostałe 8,80 zł zaliczył na poczet kosztów upomnienia.
Podatnik odwołał się od takiego postanowienia naczelnika. Odwołanie trafiło do dyrektora izby skarbowej, a ten utrzymał w mocy zaskarżone rozstrzygnięcie.
W tej sytuacji podatnik zaskarżył decyzję dyrektora izby do wojewódzkiego sądu administracyjnego i wygrał. WSA w Gdańsku orzekł, że organy podatkowe źle rozliczyły wpłatę 85 zł, bo z Ordynacji podatkowej wynika jednoznacznie, iż odsetki za zwłokę nie są naliczane, jeżeli ich wysokość nie przekraczałaby trzykrotności wartości opłaty dodatkowej pobieranej przez "Pocztę Polską Spółkę Akcyjną" za polecenie przesyłki listowej (art. 54 par. 1 pkt 5).
Obecnie pobierana przez pocztę opłata dodatkowa za list polecony wynosi 2,20 zł, co oznacza, że jej trzykrotność stanowi 6,60 zł.
Wyrok WSA zaskarżył dyrektor izby skarbowej, ale NSA odrzucił skargę. Tak samo jak sąd pierwszej instancji, NSA zwrócił uwagę na zasadę nienaliczania odsetek, gdy ich wysokość nie przekraczałaby trzykrotności wartości opłaty dodatkowej za list polecony.
"W przedmiotowej sprawie niespornym pozostaje to, że wyliczone przez organ odsetki (w kwocie 1,95 zł) nie przekraczają wskazanej wyżej kwoty, a więc zgodnie z treścią art. 54 par 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej nie są należne" - orzekł NSA w wyroku z 8 listopada 2011 r. (sygn. II FSK 112/11).
NSA dodał, że dyrektor izby skarbowej w sposób całkowicie nieuprawniony przypisał decydujące znaczenie dwukrotnej wpłacie zaległości podatkowej przez podatnika. Fakt, że podatnik wpłacał zaległość dwukrotnie, nie mogło wpłynąć na obowiązek zastosowania przez organy podatkowe przepisu Ordynacji podatkowej i odstąpienia od naliczania odsetek za zwłokę, gdy wynoszą one zaledwie 1,95 zł.