W wyniku przeprowadzonej kontroli stwierdzono nieprawidłowości w rozliczeniu VAT. Spółka nie kwestionowała wskazanych uchybień. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej ustalił wysokość podatku. Zaskarżając tę decyzję, podatnik twierdził, że dodatkowe zobowiązanie podatkowe ustalono na podstawie nieobowiązujących przepisów prawa. Jego zdaniem, bezpodstawnie pominięto też korektę deklaracji, gdyż uprawnienie do jej skorygowania ulega zawieszeniu na czas trwania kontroli. Datą zaś rozpoczęcia kontroli jest dzień doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia, a nie dzień doręczenia postanowienia o wszczęciu postępowania kontrolnego.
Wskazywano również na przekroczenie dopuszczalnego czasu kontroli oraz zaniedbanie obowiązków inspektora w zakresie nadzoru nad czynnościami powierzonymi upoważnionemu pracownikowi.
W odpowiedzi organy wskazywały, iż fakt utraty mocy przez poprzednią ustawę o VAT z dniem 1 maja ub.r. nie oznacza braku podstaw do wydawania decyzji ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe na podstawie jej przepisów do okresu przed tą datą. Zawiadomienie o wszczęciu postępowania kontrolnego doręczono 30 września 2004 r., a więc uprawnienie do dokonania korekty deklaracji za miesiące objęte kontrolą uległo zawieszeniu z chwilą otrzymania tego zawiadomienia. Spółka złożyła korektę po tym fakcie, co ustalono na podstawie datownika pocztowego. Czas trwania kontroli, jak i jej sposób były zgodne z prawem.
Rozstrzygając sprawę, sąd podkreślił, iż charakterystyczne w sprawie jest to, że podatnik nie kwestionuje prawidłowości rozliczenia podatku. Wskazuje natomiast na zarzuty dotyczące uchybień proceduralnych. Przy tego typy zarzutach należy wykazać, iż uchybienia te miały wpływ na wynik postępowania. Zarzucane przez podatnika uchybienia proceduralne nie wystąpiły. Gdyby nawet miały one miejsce, nie wpłynęłyby na rozliczenie podatku. W konsekwencji skarga została oddalona.