Europejski Trybunał Sprawiedliwości kilkakrotnie omawiał tę kwestię. Przykładowo w wyroku w sprawie Lennartz Trybunał (C-97/90) stwierdził, że państwa członkowskie są zobowiązane przestrzegać wszystkich przepisów VI Dyrektywy. W zakresie, w jakim nie wprowadzono derogacji zgodnie z art. 27, nakładającego na państwa członkowskie obowiązek powiadomienia, władze skarbowe państwa członkowskiego nie mogą opierać się, na niekorzyść podatnika, na przepisie stanowiącym odstępstwo od systemu dyrektywy.
Konstytucyjna zasada działania zgodnego z prawem (art. 7 konstytucji) nałożona na organy państwa (powtórzona w art. 120 Ordynacji podatkowej) nie stosuje się wyłącznie do przepisów krajowych. Prawo wspólnotowe jest obecnie również źródłem prawa, w niektórych przypadkach mającym wręcz pierwszeństwo przed przepisami krajowymi. Dlatego postępując zgodnie z prawem organ podatkowy nie może zastosować krajowego przepisu niezgodnego z prawem wspólnotowym na niekorzyść podatnika. Działanie przeciwne, czyli opieranie się wyłącznie na prawie krajowym w przypadku jego niezgodności z prawem wspólnotowym, jest działaniem naruszającym art. 7 konstytucji i art. 120 Ordynacji podatkowej.
Oczywiście zasada powstrzymywania się od niestosowania niezgodnego z prawem wspólnotowym przepisu krajowego dotyczy wyłącznie przypadków, gdy jest to korzystne dla podatników. Organ podatkowy nie może nie zastosować niezgodnego z prawem UE przepisu krajowego, jeśli przepis krajowy jest korzystniejszy dla podatnika.
Orzecznictwo sądów administracyjnych coraz częściej uwzględnia omawianą zasadę. Ostatnio pojawiają się wyroki, w których sąd m.in. uznał, że producent energii elektrycznej nie jest podatnikiem, mimo że ustawa o podatku akcyzowym (wbrew prawu wspólnotowemu) wprost wskazuje taki podmiot jako podatnika. Podobnie sądy odmawiały stosowania niezgodnego z prawem wspólnotowym przepisu ograniczającego prawo do odliczenia podatku naliczonego VAT przy nabyciu paliwa do samochodów czy obowiązku posiadania potwierdzenia odbioru faktury korygującej.
Można mieć nadzieję, że w niedługiej przyszłości również organy podatkowe zaczną szerzej respektować tę niezwykle ważną dla podatników zasadę.
Not. EM