KSeF 2026: Problemy z duplikatami, podwójnym księgowaniem, wydatkami służbowymi i przyjęciem do magazynu. Spółki z wieloma oddziałami tracą kontrolę nad fakturami

CRIDO
rozwiń więcej
oprac. Paweł Huczko
rozwiń więcej
KSeF w praktyce: Problemy z duplikatami, podwójnym księgowaniem, wydatkami służbowymi i przyjęciem do magazynu. Dlaczego spółki z wieloma oddziałami tracą kontrolę nad fakturami? / INFOR

Krajowy System e-Faktur miał uprościć rozliczenia i zwiększyć kontrolę nad obiegiem dokumentów. Jednak wdrożenie KSeF ujawniło problemy techniczne (niestabilne API, limity zapytań) oraz organizacyjne – szczególnie w firmach wielooddziałowych, gdzie pojawiają się trudności w przypisaniu faktury do właściwego oddziału, pracownika czy konta kosztowego. Dużym wyzwaniem są duplikaty dokumentów – gdy ta sama faktura trafia do firmy zarówno przez KSeF, jak i e-mailem – co może prowadzić do zawyżenia odliczonego VAT lub podwójnej zapłaty.

Największe problemy na początku działania KSeF

Pierwsze tygodnie po wdrożeniu KSeF 1 lutego br. u największych podatników upłynęły pod znakiem problemów technicznych. Wiele firm zgłaszało trudności z logowaniem do KSeF za pomocą profilu zaufanego – szczególnie było to dotkliwe dla tych spółek, które nie zakończyły integracji własnych systemów księgowych z KSeF. Ministerstwo Finansów wprowadzało ograniczenia w API (interfejs programowania aplikacji), przez co integracje działały niestabilnie. Przy ręcznym pobieraniu faktur firmy szybko napotykały na limity zapytań, co przy dużym wolumenie dokumentów kończyło się błędami i przerywanymi sesjami.

Odpowiedzią na część tych wyzwań jest uruchomiona przez Ministerstwo Finansów możliwość wnioskowania o indywidualne limity API KSeF 2.0 za pośrednictwem formularza kontaktowego oraz logowanie się do KSeF za pomocą węzła krajowego m.in. poprzez aplikację mObywatel.

Autopromocja

Faktura dotarła, ale do kogo?

Nawet gdy „technikalia” działały, ujawniły się głębsze problemy organizacyjne – szczególnie w firmach z wieloma oddziałami. Przed erą KSeF obieg faktur był intuicyjny: faktura towarowa przychodziła z dostawą lub mailem, zaś kosztowa trafiała do księgowości lub recepcji danego oddziału. KSeF wymusił głęboką reorganizację tych procesów, na którą część firm nie była gotowa.

Obecnie faktury wpadają do systemu i są pobierane przez uprawnioną księgową, która ręcznie próbuje ustalić, do którego oddziału, osoby czy centrum kosztowego dany dokument należy. Plik XML często zawiera wyłącznie pola obowiązkowe wymagane ustawą o VAT, bez dodatkowych informacji ułatwiających przypisanie. Faktura krąży między księgowością a recepcją centrali, a czas jej opisania i zatwierdzenia się wydłuża. W skrajnych przypadkach dokumenty „giną" w skrzynce odbiorczej lub czekają tygodniami na akceptację, co oznacza ryzyko przekroczenia terminów płatności czy nadszarpnięcia relacji z dostawcami.

Kluczowym krokiem jest jak najszybsze wdrożenie narzędzia zintegrowanego bezpośrednio z KSeF lub – tam gdzie pełna integracja nie jest jeszcze możliwa – rozwiązania umożliwiającego automatyzację i robotyzację obiegu dokumentów. Przejmie ono żmudną pracę ręcznego rozdzielania faktur i skieruje je do właściwych osób bez udziału człowieka.

Problem duplikatów i podwójnego księgowania

Nierzadko część największych dostawców wystawia faktury w KSeF i dodatkowo przesyła je mailem w formacie PDF, który zawiera więcej informacji niż ta sama faktura w systemie KSeF. Do firmy trafiają więc dwa dokumenty dotyczące tej samej transakcji – pracownicy działu zakupów, nieświadomi faktury w KSeF, rejestrują dokument z maila, podczas gdy księgowość pobiera go z platformy rządowej. Do firmy trafiają więc dwie faktury dotyczące tej samej transakcji, co może prowadzić do podwójnego zaksięgowania – z ryzykiem zawyżenia odliczonego VAT lub podwójnej zapłaty.

Co istotne, nie wszystkie faktury będą dostępne w KSeF. Dostawcy objęci obowiązkiem dołączenia do systemu od 1 kwietnia br., transakcje wyłączone z systemu oraz kontrahenci zagraniczni nadal przesyłają dokumenty tradycyjnymi kanałami. Dla faktur objętych KSeF warto wprowadzić jasną zasadę: podstawą do księgowania jest wyłącznie dokument pobrany z systemu i identyfikowany numerem KSeF. Dokumenty mailowe mogą pełnić rolę pomocniczą – nie powinny stanowić podstawy do księgowania, gdy są również w KSeF.

Zakłócenia w magazynach i przy wydatkach służbowych

Szczególnie dotkliwy problem pojawia się w firmach handlowych. Towar dociera do magazynu bez dokumentów – ani WZ (wydanie zewnętrzne), ani faktury papierowej. Faktura znajduje się w KSeF, ale magazynier nie ma dostępu do platformy i nie może wprowadzić towaru do systemu magazynowego. Przyjęcie się blokuje, a procesy się opóźniają. Dodatkową komplikacją są faktury mieszane – częściowo towarowe, częściowo kosztowe – których bez wcześniej zdefiniowanych reguł klasyfikacji nie sposób automatycznie przypisać.

Nowe realia zaskakują też pracowników rozliczających wydatki służbowe. Sprzedawca może dziś wystawić fakturę wyłącznie przez KSeF, bez obowiązku przekazywania kupującemu jakiegokolwiek dokumentu. Pracownicy nie wiedzą, jak udokumentować służbowy zakup, gdyż procedury nie zostały zaktualizowane. Skutkuje to nieuporządkowaną dokumentacją kosztową i frustracją po obu stronach.

Jak rozwiązać problemy

Warto poprosić dostawców, by w polu „Podmiot3 – rola: Odbiorca" zamieszczali dane identyfikujące właściwy oddział lub osobę odpowiedzialną za zakup. Kluczowe jest też opracowanie reguł kategoryzacji faktur – jasnych zasad przypisywania dokumentów do oddziałów i kont kosztowych, opartych na NIP dostawcy, numerze zamówienia lub innych danych z pliku XML, a nawet z zastosowaniem sztucznej inteligencji.

Pracownicy rozliczający wydatki służbowe powinni wiedzieć, że mogą prosić sprzedawcę o wydanie dokumentu potwierdzającego transakcję oraz/lub wpisanie ich adresu e-mail lub numeru pracowniczego w polu „Podmiot3 – rola: Pracownik". Dodatkowe dokumenty, jak wyciąg z karty służbowej, mogą pełnić rolę uzupełniającą przy przypisaniu pracownika do danego wydatku.

1 kwietnia obowiązek wystawiania faktur przez KSeF obejmie kolejną, szerszą grupę podatników – w tym mniejszych dostawców. Dla firm, które jeszcze nie uporządkowały procesów zakupowych, oznacza to nową falę trudności. Ci, którzy już teraz wdrożą reguły kategoryzacji i przeszkolą pracowników, zbudują solidny fundament pod sprawnie działający obieg dokumentów.

Paulina Moroz, Tech Project Manager, zespół Business & Digital Services w CRIDO

Księgowość
Pieniądze zebrane przez fundację Cancer Fighters zwolnione z podatku. Darowiznę można odliczyć w PIT lub CIT ale trzeba mieć dowód wpłaty
06 maja 2026

Zbiórka pieniędzy dla fundacji Cancer Fighters jest zwolniona z podatku – tak odpowiedziało Ministerstwa Finansów na pytania PAP. Darowizny pieniężne wpłacone na fundację mogą zostać odliczone od podatku dochodowego - zarówno PIT jak i CIT za 2026 rok.

Składka zdrowotna 2026: uwaga na zmiany w rozliczeniu rocznym przedsiębiorców (ryczałt, skala podatkowa, podatek liniowy). Rok składkowy nie zawsze pokrywa się z kalendarzowym
05 maja 2026

Maj dla wielu przedsiębiorców wygląda podobnie: dużo spraw bieżących, terminy się piętrzą, a gdzieś pomiędzy fakturami, podatkami i codziennym prowadzeniem firmy wraca temat, który co roku budzi ten sam niepokój: roczne rozliczenie składki zdrowotnej. W 2026 roku to rozliczenie wygląda trochę inaczej niż rok wcześniej. Co ważne, część zmian można odczuć jako ulgę. Choć sam obowiązek nie zniknął, zmieniły się niektóre zasady, które dla przedsiębiorców są teraz korzystniejsze.

KSeF 2026: unikamy katastrofy, bo fakturujemy po staremu. Nie będzie kar za niewystawianie faktur ustrukturyzowanych także w 2027 roku?
06 maja 2026

Minął pierwszy miesiąc obowiązkowego KSeF. Podatnicy zachowali się w pełni racjonalnie, bo w przytłaczającej większości wystawiają po staremu faktury papierowe i elektroniczne, a niewielka ich część robi to podwójnie: po staremu i po nowemu (do KSeF). Zgodnie z przewidywaniami jedynym sposobem uniknięcia katastrofy rozliczeniowej, którą niesie za sobą nakaz powszechnego wystawiania faktur ustrukturyzowanych, było przysłowiowe „olanie” tego obowiązku – pisze prof. dr hab. Witold Modzelewski.

Rewolucja w sporach z fiskusem: ugoda zamiast kontroli. Podatnik zapłaci o połowę mniej
05 maja 2026

W wykazie prac legislacyjnych Rady Ministrów opublikowano projekt nowelizacji ordynacji podatkowej (UDER110), który przewiduje wprowadzenie tzw. ugody podatkowej. Jeżeli projektowane przepisy wejdą w życie, podatnik i organ będą mogli polubownie zamknąć sprawę zaległości podatkowej, a wnioskodawca będzie mógł uzyskać obniżenie odsetek, ochronę przed odpowiedzialnością karnoskarbową w zakresie objętym ugodą oraz odroczenie albo rozłożenie spłaty na raty.

Nowe przepisy o AI w 2026 roku: co sprawdzi regulator, a na co musi przygotować się biznes?
05 maja 2026

Rozporządzenie Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2024/1689 (dalej „AI Act” lub „Rozporządzenie”) obowiązuje w Unii Europejskiej od 1 sierpnia 2024 r., przy czym start stosowania poszczególnych przepisów został podzielony na fazy rozłożone w czasie. W sierpniu 2026 rozpocznie się stosowanie regulacji w części dotyczącej systemów AI wysokiego ryzyka, obowiązków dotyczących przejrzystości, a także egzekwowanie AI Act na szczeblu krajowym. Z tym ostatnim związany jest projekt ustawy o systemach sztucznej inteligencji, który obecnie jest na etapie prac sejmowych.

Kiedy umowa zlecenia z własnym pracownikiem może być uznana za umowę o pracę?
05 maja 2026

Zawieranie umów cywilnoprawnych z osobami już zatrudnionymi na podstawie umowy o pracę nadal jest w wielu firmach częstą praktyką. Coraz częściej jednak budzi to poważne wątpliwości prawne, zwłaszcza gdy dodatkowe umowy w rzeczywistości pokrywają się z obowiązkami pracowników etatowych. W takich sytuacjach rośnie ryzyko uznania, że mamy do czynienia z obchodzeniem przepisów prawa pracy.

Pracownicy nie dostaną automatycznie PIT-11? Sprawdź, jakie zmiany szykuje rząd
04 maja 2026

Pracodawcy nie będą musieli przekazywać pracownikom PIT-11, a także innych podobnych formularzy – wynika z opublikowanego projektu ustawy. Formularze takie podatnik będzie mógł uzyskać z urzędu skarbowego.

Rozliczenie z dotacji oświatowej składek ZUS, zasiłków chorobowych, opiekuńczych i macierzyńskich
04 maja 2026

Zasady wydatkowania dotacji oświatowej budzą wiele pytań, szczególnie w kontekście kosztów pracowniczych. Choć środki te mają charakter podmiotowo-celowy, ich wykorzystanie jest ściśle limitowane ustawą. Najnowsze orzecznictwo sądów administracyjnych rzuca światło na możliwość finansowania składek ZUS oraz zasiłków wypłacanych pracownikom, wskazując na konkretne mechanizmy rozliczeń, które pozwalają uniknąć zarzutu podwójnego finansowania.

Co ma zrobić podatnik VAT, gdy na jego koncie w KSeF pojawią się obce, omyłkowe lub fikcyjne faktury?
06 maja 2026

Pojawienie się w KSeF faktur, które nie dokumentują rzeczywistych zakupów podatnika, to zjawisko, na które firmy muszą być przygotowane. W nowym modelu fakturowania ustrukturyzowanego niechciane dokumenty – w tym faktury prywatne pracowników, omyłkowe czy scamowe – są widoczne zarówno dla podatnika, jak i dla organów podatkowych. Sam fakt ich otrzymania nie powoduje jednak obowiązku zapłaty ani szczególnych obowiązków informacyjnych. Kluczowe jest właściwe rozpoznanie sytuacji oraz wdrożenie wewnętrznej procedury, aby takie faktury nie zostały zaewidencjonowane i rozliczone w księgach oraz w ewidencji VAT podatnika.

Koniec faktur „scamowych"? KSeF 2.0 ma nowe narzędzie do walki z oszustami
05 maja 2026

Ministerstwo Finansów wdrożyło w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 nową funkcjonalność, która pozwala na natychmiastowe zgłaszanie do administracji skarbowej faktur budzących podejrzenie oszustwa lub nadużycia. Rozwiązanie to stanowi bezpośrednią odpowiedź na problem tzw. „scamowych faktur”, które automatycznie trafiają do systemów przedsiębiorców.

pokaż więcej
Proszę czekać...