Zgodnie z § 13 ust. 1 rozporządzenia z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 212, poz. 1337 z późn. zm.) w przypadku, gdy po wystawieniu faktury udzielono prawnie dopuszczalnych i obowiązkowych rabatów (bonifikat, opustów, uznanych reklamacji i skont), bądź zwrócono nabyte towary, podatnik udzielający rabatu ma obowiązek wystawić fakturę korygującą. Dotyczy to zarówno podatników wystawiających faktury w formie papierowej jak i elektronicznej.
Zgodnie z § 5 ust. 1 rozporządzenia z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej (Dz. U. Nr 133, poz. 1119) faktury korygujące oraz duplikaty faktur do faktur wystawianych i przesłanych w formie elektronicznej przesyła się w tej samej formie.
Jednakże należy podkreślić, że w ust. 2 tego przepisu przewidziano możliwość wyjątkowego wystawienia faktury korygującej (lub duplikatu) w formie papierowej, w przypadku gdy przeszkody formalne lub techniczne uniemożliwiają wysłanie jej w formie elektronicznej. Podatnik musi tylko pamiętać wystawiając taki dokument o zamieszczeniu odpowiedniej adnotacji, że odpowiednio faktura korygująca lub duplikat faktury dotyczy faktury wystawionej w formie elektronicznej.
Polecamy: VAT 2010
Podsumowując „jeśli podatnik wystawiający e-faktury nie ma możliwości wystawiania elektronicznych faktur korygujących, wówczas może je wystawić w formie papierowej.” (por. wyrok WSA z 26 stycznia 2009 r., III SA/Wa 1870/08). Wynika z tego, że organ podatkowy nie może odmówić uznania za fakturę korygującą dokumentu lub noty tylko ze względu na formę, w jakiej została ona wystawiona.