Minister finansów wydał dwa rozporządzenia z dnia 22 grudnia 2004 r., które zmieniają obowiązujące przepisy w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów oraz w sprawie prowadzenia ewidencji przychodów i wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych.
W nowych przepisach dostosowano odesłania zawarte w rozporządzeniu w sprawie prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów oraz w rozporządzeniu w sprawie prowadzenia ewidencji przychodów i wykazu środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych do obowiązującej od maja br. nowej ustawy o podatku od towarów i usług. Jednocześnie w ostatnim ze wspomnianych rozporządzeń skreślono par. 12 ust. 2, który stanowił, że jeżeli podatnik uzyskuje przychody opodatkowane różnymi stawkami i dokonuje odliczeń od przychodów, odliczeń tych, do wysokości określonej w ustawie o podatku dochodowym, dokonuje od każdego rodzaju przychodu w takim stosunku, w jakim w roku podatkowym pozostają poszczególne przychody opodatkowane różnymi stawkami w ogólnej kwocie przychodów. Zasada ta, mająca zastosowanie do podatników rozliczających podatek dochodowy w formie zryczałtowanej, nie znikła z przepisów podatkowych. Treść tego przepisu, nieznacznie zmodyfikowana, została przeniesiona do ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne (Dz.U. Nr 144, poz. 930 z późn. zm.).
Z kolei w objaśnieniach do podatkowej księgi przychodów i rozchodów sprecyzowano, na podstawie jakich dowodów dokonuje się wpisów w księdze w przypadku wypełniania kolumny 13 przeznaczonej do wpisywania wynagrodzeń wypłacanych pracownikom (w przypadku gdy wynagrodzenie to nie jest wypłacane w kasie).Wspomniane zmiany mają wejść w życie 1 stycznia 2005 r.