Jeżeli organ podatkowy wykryje tego rodzaju nieprawidłowości, to nalicza odsetki. Gdy stwierdzi taką sytuację w trakcie danego roku podatkowego, którego dotyczą odsetki, wówczas sytuacja jest klarowna. Skoro podatnik nie wpłacał na konto urzędu skarbowego zaliczek we właściwej wysokości, musi je uiścić wraz z odsetkami. Niejasności jednak pojawiają się, gdy organ podatkowy zauważy nieprawidłowości związane z regulowaniem zaliczek już po zakończeniu danego roku podatkowego i po złożeniu przez podatnika rocznego rozliczenia. Wtedy w decyzji urzędnicy określą podatek za ten rok we właściwej wysokości, a od zaległości naliczą odsetki. Upoważnia ich do tego przepis art. 21 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60). Wynika z niego, że jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.
Na tym jednak nie koniec. Organ podatkowy ustali też odsetki za zwłokę od niezapłaconych w odpowiednim czasie i wysokości zaliczek na podatek. Podstawą do tego są regulacje art. 53a Ordynacji podatkowej. Jeżeli w postępowaniu podatkowym po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego organ podatkowy stwierdzi, że podatnik mimo ciążącego na nim obowiązku nie zapłacił zaliczek na podatek w całości lub w części, nie złożył deklaracji albo wysokość zaliczek jest inna niż wykazana w deklaracji, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość odsetek za zwłokę, przyjmując prawidłową wysokość zaliczek na podatek, jeżeli ich wysokość jest inna niż wykazana w deklaracji, a także w razie braku deklaracji. Problem jednak w tym, do którego dnia powinny być naliczane odsetki od takich zaliczek. Urzędnicy administracji skarbowej uważają, że do dnia zapłacenia takich odsetek. Odmienny jednak pogląd wyrażono w niektórych wyrokach sądów administracyjnych. Uznano, że odsetki od nieprawidłowo rozliczonych zaliczek powinny być naliczane jedynie do czasu rozliczenia się z podatku dochodowego za dany rok. Po tym terminie mają zaś być już naliczane odsetki związane z niewłaściwie rozliczonym podatkiem rocznym.
Wszystko wskazuje na to, że tę sporną kwestię rozstrzygną przepisy zawarte w autopoprawce do rządowego projektu zmiany Ordynacji podatkowej. Do projektu, który znajduje się w uzgodnieniach miedzyresortowych, dotarła „Gazeta Prawna”. Zgodnie z proponowanym brzmieniem art. 53a Ordynacji podatkowej, jeżeli w postępowaniu podatkowym po zakończeniu roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego organ podatkowy stwierdzi, że zaliczki nie zostały zapłacone w całości lub w części, to wyda decyzję, w której określi wysokość odsetek za zwłokę na ostatni dzień roku podatkowego lub innego okresu rozliczeniowego, przyjmując prawidłową wysokość zaliczek na podatek.