Sprawa dotyczyła spółki prowadzącej działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE). Do dnia wejścia w życie w 2004r. nowych przepisów dotyczących SSE spółka posiadała status małego przedsiębiorcy. Z uwagi na fakt, że spółka uzyskała zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w strefie przed dniem 1 stycznia 2001 r. należy do tzw. starych inwestorów, którym początkowo przysługiwało zwolnienie podatkowe w związku z prowadzeniem działalności na terenie SSE, nielimitowane wysokością poniesionych wydatków kwalifikowanych w całym okresie ważności zezwolenia. W związku ze zmianą przepisów spółka zadeklarowała, że będzie korzystać ze zwolnienia na zasadach ogólnych, tj. tych obowiązujących małych i średnich przedsiębiorców w dniu wejścia Polski do UE. Spółka jest zobowiązana do kalkulowania wielkości przysługującego jej zwolnienia podatkowego na podstawie poniesionych kwalifikowanych wydatków inwestycyjnych oraz intensywności pomocy publicznej odpowiedniej dla małych i średnich przedsiębiorstw w dniu wejścia Polski do UE.
Na tym tle spółka powzięła wątpliwość, czy do obliczenia wysokości przysługującego spółce zwolnienia podatkowego, należy przyjąć wartość faktycznie poniesionych wydatków inwestycyjnych (uznania wydatków jako koszt kwalifikowany do objęcia pomocą) w okresie ważności zezwolenia uzyskanego przez spółkę na prowadzenie działalności, tj. od dnia 30 grudnia 2000 r. do dnia 8 sierpnia 2016 r.
Prezentując własne stanowisko spółka wskazała, że powinna zakwalifikować do objęcia pomocą wszystkie wydatki faktycznie poniesione po dniu uzyskania zezwolenia, aż do ostatniego dnia jego obowiązywania.
Organ uznał to stanowisko za nieprawidłowe. W uzasadnieniu wskazał, że skoro spółka będąca małym starym przedsiębiorcą, nie dokonała zmiany zezwolenia w trybie art. 6 ust. 1 ustawy zmieniającej z 2003 r., to po dniu 31 grudnia 2011 r. w ogóle nie ma prawa do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w SSE. W konsekwencji, kwestia limitu zwolnienia podatkowego jest w tej sprawie bezprzedmiotowa.
Sprawa trafiła do WSA w Gliwicach, który przyznał rację podatnikowi. Uzasadniając wskazał, że mali inwestorzy (do których zalicza się spółka) zachowali prawo do korzystania z pomocy publicznej na starych, preferencyjnych zasadach, do końca 2011 r. Jednak, nie oznacza to, że spółka tracąc prawo do korzystania ze zwolnienia na preferencyjnych warunkach, utraciła także prawo do zwolnień wynikających z zezwolenia na prowadzenie działalności na obszarze SSE na zasadach ogólnych, wynikających z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT.
Organ złożył skargę kasacyjną do NSA, ten jednak nie przyznał mu racji. Zdaniem sądu kasacyjnego po dniu 1 stycznia 2012 r., mali przedsiębiorcy, którzy uzyskali zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE przed dniem 1 stycznia 2001 r., co prawda nie mogą korzystać ze zwolnienia podatkowego na zasadach obowiązujących do dnia 31 grudnia 2000 r., czyli na starych zasadach, na podstawie, których rozpoczynali działalność, ale obejmują ich aktualnie obowiązujące regulacje w tym zakresie.